こうして、SOS団を作ったハルヒ達。
そして長門の言葉に興味を示すキョン。
だがいまいち理解出来ないキョン。
しかし今後の鍵は、キョン自身であり、影響を最初に受けるのはキョン自身だと長門は語ります。
そんな中、ある日の事…
学校に転校生が現れます。ハルヒは謎の転校生と言い張ります。
その放課後、その転校生の古泉を連れてきて活動内容は宇宙人と遊ぶ。らしい
そんなこんなで翌日の放課後になり、部室に向かうキョン…。 すると、
ハルヒがみくるにメイドのコスプレをさせます。
意味は不明だが……。
そしてミーティングが始まった。そして、不思議を休日に探しに行く事になり、そして、その日がやって来てくじ引きで決め二手に別れてキョンはみくると行動する事に……。
そして歩いている時にみくるはキョンにこう言った。
「私、現代の人ではないのです…未来から来ました。」と語ったのです…。
その時空間の歪みはハルヒに原因があるらしい…。
そしてまたハルヒ達と合流しまた組み直して捜したが収穫無し……。
そして翌日、ハルヒが不機嫌。そして古泉の正体は超能力者と言います。
どうやら３年前にハルヒがこの変化を引き起こしたとの事。
そして古泉はハルヒを見張っていると……
そして部室に戻るとみくるがメイドになっていたが、ハルヒは姿を現さず
一度もハルヒと話さなかったキョンなのだった……
という展開