RIG-I様受容体ファミリー(RLR)は、細胞質のウイルスRNAを検出し、TypeIインターフェロン(IFNα/β)の生産を開始するために必要不可欠な経路です。そして、それらは自然抗ウイルス応答を開始します。多様なゲノムワイドデータによる系統だったアセスメントを通して、著者らはRLR経路に関わる成分であると知られている中で、新たに10の分子の痕跡を同定しました。RLR経路に関わる遺伝子は、急速に進化した傾向があり、ウイルスたんぱく質と相互作用し、限られたアミノ酸ドメインのセットを持つ特異的な転写因子のみに制御されていました。そして、タイトなネットワークとのコネクションを形成していました。著者らはベイズ統計を用いて、これらの痕跡を統合し、新たなRLR経路制御因子とすることを提案しています。RNA干渉によるノックダウン実験と高性能なプレディクションによって、ウイルス感染によりIFNβを生産することに影響を与える、187候補遺伝子の内から94個の遺伝子を同定しました。その抗ウイルス制御因子は広い細胞のプロセスに関与している可能性があり、複雑なウイルス防御システムの存在を浮きぼりにしました(例、MAP3K11, CDK11B, PSMA3, TRIM14, HSPA9B, CDC37, NUP98, G3BP1)。そして、それらには未知の因子も含みます(DDX17, C6orf58, C16orf57, PKN2, SNW1)。著者らが評価したRLR経路遺伝子リスト(http://rlr.cmbi.umcn.nl/)は、統合ジェノミクスと実験の組み合わせにより、自然ウイルス免疫応答に関わる遺伝子群の新たなリソースを齎したといえます。(PMID 26485378)
ネット復旧しました。止まったことにも、また復旧したことにも、感謝の気持ちを込めて、PLoS computional biologyからの記事にしました。今回見つかっている遺伝子群は明らかに既存の自然免疫応答経路とは認識されていない細胞プロセスに関わる遺伝子や別のシグナル因子です。ドライの威力が発揮された感じですね。まだ、リストのサイトには行っていませんが、これからアルゴリズムや統計等も含めて勉強したいと思います。ネット社会に生きる個人は、見えない多くの人々に支えられていますね。あたかも、ウェットの目で見えるRLR経路と今回インシリコの目から見つかったそれを支えている10の分子のようですね。また、オフラインですらも、定期的に送られてくるメールには、何か地球の自転のような、止まれないものを感じました。見えるものと見えないもの、両方大切にして行きたいと思います。ではまた。