QEDシリーズとは別ながら、薬剤師桑原が古代史の謎解きをするミステリー。
毒草師、御名方の隣人の西田と同じ医薬品関係の出版社に勤める萬願寺響子は、従兄弟の鳴上漣が、旅行に出たまま行方不明になっていると、叔母から聞き、彼の行方を一人探しに、九州に旅立つ。以前京都で起こった事件で知り合った御名方、さらに漣と共に知り合った桑原とは連絡がとれず、単身で向かった響子。
漣は大学生としては活気がない男だが、興味を持った歴史にまつわる問題に対しては熱心に調べる男だった。
部屋に残されていたものから、彼が卑弥呼に興味を抱いていたこと、宇佐神宮、高千穂神社、天岩戸神社等にいく予定だと知る。
理系の彼女には、神社や神様のことはわからないものの、漣が書き残したメモを頼りに、彼の足跡を追いながら、関連する神社などについてネットで情報を当たる。
折しも、九州では不可解な殺人事件が起きていた。高千穂の夜神楽の最中に躍り手が殺され、首が切り落とされ持ち去られていた。さらに、宇佐神宮の御霊水の井戸に、女性の遺体の一部が別々に捨てられ、さらに、近くの神社では首吊りの遺体が発見される。のちに、それらは恋人同士だとわかるも、犯人の手がかりは皆無で、警察の捜査は進まない。
さらに、井戸の第一発見者の遺体が発見されるも、これまた捜査は進まない。
その頃、漣はなぞの男女により、監禁されていた。彼らにとっては都合の悪いことに漣が気づきそうになったので拘禁した。警察がいなくなったら殺すつもり。
折しも漣を追ってきた響子も捕まりそうになったところ、漣を心配してやって来ていた桑原がそばにいて助けられる。
響子をさらおうとした女を、桑原の助言で尋問した結果、漣の行方も判明し、後に助けられる。
犯人らしきものはわかったものの、動機に見当がつかない警察官たちと漣と響子に、桑原は謎解きを披露する。
天岩戸伝説に隠されていた真実とは？
卑弥呼の正体は？
天照と天照大神の関係は？
天皇家の祖先が彼らにした仕打ちとは？
そのために、天皇家が今も鎮魂の儀式を捧げる相手とは？
卑弥呼は暗殺されていた、そして、天照大神も暗殺されていた。
天皇家が始まった頃に起きた真の歴史的事件とは何だったのか？