社伝をもって行方を隠している諒司から、呼び出されて出雲に単身出掛けた竜之介は、諒司からとんでもない話を聞かされる。天照大神を祖とする現在の天皇家とは別に、月読命を祖とする裏の天皇家があり、彼らは玉兎と名乗る一味だと。そして、竜之介の母方の祖父は彼らの幹部だった。彼らは竜之介を頭にいただいて、社伝により、裏から表に乗り出して、日本の改革、維新をしようとしていると。
そこを出雲に住む現在の天皇家を守護する忍者の一派、波多野村雲流の刺客に襲われる竜之介と諒司。別れて逃げ出した竜之介の絶体絶命のピンチを救ったのは甲斐だった。連絡もなく消息を絶った竜之介がどうやら出雲に行ったと知った甲斐は、出雲のことも気になるので、婚約者を連れて出雲に来ていた。御朱印帳集めが趣味の竜之介を尋ねて、神社を回っていた。タクシーから竜之介を目撃した甲斐が助けた。
甲斐から出雲大社とスサノオの謎解きを聞いた竜之介は、甲斐たちを先に帰らせ、諒司との待ち合わせ場所に向かう。
一方、伊賀に戻った甲斐と婚約者の聡美は、刺客に襲われるも、最近上達した甲斐に打ち負かされる。最後の武器として毒矢を放つ刺客。甲斐を庇って倒れる聡美。刺客は聡美の祖父の秘書で、また玉兎の一味でもあった。
怒りに燃える甲斐。