伊賀の出賀茂神社から盗まれた秘密の社伝、その事件から失踪した男、早乙女諒司が熊本で目撃されたということで、甲斐たちは、熊本に出掛けることになる。
甲賀出身の竜之介と巫女のバイトをしている貴湖、それに忍者犬のほうろくが同行する。
折しも天草の児童養護施設の園長が撲殺される殺人事件が起こっていた。そのために旅行者も足止めされているということで、諒司も天草にいると考えた一行も天草に。
犯人を教会の神父が匿っているとにらんだ甲斐は竜之介と共に教会に忍び込む。地下室に侵入し、奥深くの部屋にたどり着いた二人は閉じ込められてしまう。扉を開けるキーワードは何か？
熊本に来る途中でにわか勉強した天草の歴史と天草四郎の一揆のなぞ。
同じ頃宿に一人でいた貴湖は神父に襲われるも、忍術で死んだ振りをして助かる。神父を追い、問い詰める。連絡を取ってあった上級神父の説得で、神父は自首し、事件は解決。
四郎の名前というキーワードを思い付いた甲斐も無事地下室から脱出。
肝心の諒司には逃げられてしまう。
次はどこへ行くのか？