『地層捜査』で迷宮入りした事件を解明した特命捜査対策室所属の警部補水戸部、今回命ぜられたのは、十七年前に被疑者死亡で終わったとされた事件。最近神奈川県で起こった強姦殺人の現場で見つかったDNAが、十七年前の事件の現場で見つかった被疑者以外のそれと合致した。もしかして真犯人がいて、今回も同じ犯人ではないのか。もしもそれを警視庁と犬猿の仲の神奈川県警に明らかにされたら、警視庁の面目がつぶれる。しかも当時の捜査の責任者が今は警視庁の幹部になっていて、それは回避しなければならない。つまり、真犯人がいるのなら水戸部の手で神奈川県警に先んじて犯人を逮捕しなければならない。公式的には決着した事件のため、警視庁が公式に捜査はできないため、水戸部と相棒として選ばれた性犯罪者専門の年上の女刑事朝香の二人だけで捜査しなくてはならないし、所轄の応援も頼めない。制約が多く、時間に余裕がないタイトな捜査になる。

DNAが絡む捜査だが、公式には科学捜査研究所に協力してもらえないが、水戸部が馴染みの研究者にだけ非公式に協力してもらえる。

会議室を与えられて水戸部と朝香はまずは当時の捜査資料を調べることにする。十七年前では現場も様変わりしているが、雰囲気だけでもつかもうと現場周辺を歩き回る。
そして資料に出てくる証言者や関係者の現在の居所を調べ、連絡がつけば話を聞くという地道な捜査が始まる。

被害者は田舎から夢を持って上京した女性みちる。ファッションの専門学校に入ったものの、中退、カフェのバイトになっていた。馴染みの店の客はいたものの、恋人らしきファッションカメラマン風見とつきあっていた。彼女の死体が発見された現場には三人のDNAがみつかり、体液もあった風見が疑われ、逮捕寸前に謎の死を迎える。状況証拠以外なく、犯人でない可能性もある。

地道な関係者への聞き込みで、当時は知られなかった被害者や被疑者の周辺が次第に明らかになっていく。

オウム騒ぎの直後で騒がしい時代、当時はオウム関連に人手が裂かれ、多少強引な取り調べだったかも。当時の捜査刑事で、被疑者に疑問を抱いていた刑事が水戸部に連絡してきて、協力を申し出るが新たな事件に駆り出されて、共同捜査はできなかった。ただラスト近くで同じ関係者がいることで協力する。

結果的には四十時間でのスピード逮捕にこぎ着けた水戸部たち。警視庁の面目は保たれた。