はなはなみんみ物語続編。とある島で暮らすふたごのはなはなとみんみ。幸せに暮らす家族が変わったのは、小人族の魔法のひとつ、空中飛びを習得したからだった。昔、空中飛び軍にいた白ひげじいさん、かつての大戦争で小人族が壊滅したため、偶然漂着した島で新たな家族を作り、暮らしてきた。空中飛びを利用して、島を支配していた羊びとを退治し、北の海岸に住んでいた小人の家族と会った。不幸にも亡くなったじいさんが首にかけていた緑の石。
亡きじいさんのためにももとの小人国のあった島を目指して海に乗り出した二つの家族。
今回は二人を亡くし、漂着した島の海岸で暮らす彼らの様子から話が始まる。かつての島の南岸で暮らしたはなはなみんみのふたごと、父たけびと母ひいな。北岸で暮らしていたゆたとくりなの兄妹と父たちと、きゆばあさん。
航海中に妻を亡くしたたちは元気がなく、ついに一人出ていった。地震にあった際にきゆばあさんが思い出したゆらぎの詩。かつて水中くぐり軍の隊長だった亡きご主人が残した言葉。
それをきっかけにはなはなたちは新たな魔法水中くぐりを学び、会得する。
海岸に現れた島の先住民のネズミに聞かされた話。地震が絶えない島は海岸付近から次第に海に沈んでいくと。だからネズミたちは岩山に住んでいる。
しかも彼ら一族は遠くに見える夕日の島へ移住しようと、無謀な海渡りを繰り返している。それが成功したかどうかを知るよしもなく。
彼らの住む岩山へ行くことにしたはなはなたち。失踪したたちも彼らのところにいる様子。
地震の原因は海中のゆらぎの柱らしい。それを破る力を持つのが、しろひげじいさんの残した緑の石。ゆらぎの詩からはそう思えるが詳しいことはわからない。
最初に漂着したときは島の外観から、きゆばあさんは未知の島だと考えたが、星座の位置から言うと、まさに七つの三日月群島の北のはし、第七島だと判明する。大戦争の後遺症で島の姿も変わったのか。
水中くぐりの魔法に習熟したはなはなたち若者四人は、海中のゆらぎの柱の謎を解くべく海にもぐる。
そして緑の石の魔力により、ゆらぎの柱は消滅し、島に平和が戻った。

ふたつの兄妹たちは、互いに恋人を意識するようになり、彼らは平和を取り戻した島を出て、満月本土を目指そうと決意する。そこにはさらなる小人族の生き残りや、遺跡が見つかるかもしれない。希望を胸に海を眺める四人の若者たち。はなはなとくりな、ゆたとみんみ。