※CC使用期限切れにより検証できません（メイン環境でないのでうっかりしていました）。間違いありましたら遠慮なくツッコミをお願いします。
●画像の埋め込み解除
CCから搭載された「画像の埋め込み解除」は「埋め込みを解除してリンクにする」という機能ですが、これは埋め込み済みのファイルを抽出して別ファイルとして保存し、そこにリンクをかける機能です。元々リンクしていたファイルにリンクをかけ直してくれているわけではありません。
ただ、Illustratorでは、ある意味埋め込みファイルを抽出してリンクをかけた方が絶対的に安全なので、仕様としては正しいのかもしれません。名称から勘違いする人がいるかもしれないので一応注意喚起を。
抽出した画像ファイルは、埋め込みの項で言及した解像度変更のため、書き出したデータは同じ画素数でも、サイズやカラーモードなどが変わってしまっていることがあります。
ちなみにInDesignは元データへのリンクも、抽出してリンクもどちらもできます。埋め込みから元データへの再リンクする際に、画像ファイルが変更されていれば警告も出ます（100点満点）。
ああ、そういえば神速IllustratorのP285に、条件付きで埋め込みを元データにリンクをかけ直すテクニックが載っていたなぁ（棒）。
●パッケージ
私CC使ってないのでIllustratorのこれは詳しいことワカリマセンが、リンクファイルを収集してくれるInDesignやQXではおなじみの機能です。これIllustratorにしてはちゃんと作ってあって（すごい失礼！）、初回で問題にした同名別ファイルを処理できるのです。
たとえば下図のようにいろいろなところからリンクをかけていて、名前がバッティングしているファイルがあったとします。
「リンクされたファイルとドキュメントを再リンク」（なげーよ）チェックがオンならば、収集時に同名別ファイルがあると名前に文字列を追加してそのファイルにリンクをかけ直してIllustratorファイルを上書きしてくれます。
↑重複ファイルがなくてもリンクパスは書き換えてくれるので、間違いなくLinksフォルダ内のファイルにリンクがかかる
「リンクされたファイルとドキュメントを再リンク」チェックがオフの場合は残念ながら同名ファイルがあると1個だけしか収集してれず、そのまま再リンクすると恐ろしい結果に。
ただし、全てオリジナルファイルのコピーになるので更新日などが変わらず、同名重複の恐れが無かったり、フォルダが分かれてても実は同一画像など、これはこれで使い道があるのです。
↑単純にファイルのコピー収集なので、同一環境内ではリンクは元のファイルにかかったまま。リンク切れになれば同一階層のLinksフォルダにかかる
ここはキッチリ違いを理解して正しく使いましょう。
●まとめ
というわけで、やっとまとめでございます。DTPというか、プロフェッショナルの作業において、リンク配置を使うのであればファイル保存時のリンク状態を保持するのは絶対に必要な事です。にもかかわらず、Illustratorにはその機能が欠落しています。何より再リンクしたものが正しいのかどうかの確認ができないのが一番の問題点です。
しかしながら、入稿時やバックアップ時に同名別ファイルや補正前画像の混入などのミスは起こりえます。だってにんげんだもの。
そうしたミスが起きたとき、Illustrator側は助けてくれません。はい、最初から助けてくれないのが分かっているならば自衛手段を講じれば良いのです。
知らなければ踏むかもしれない地雷でも、ある場所がわかっていれば回避することは可能です。まず、リンクは切れやすいもの、再リンク時は確認しようがないことを念頭に置き、フォルダやファイル名に気をつけて、使える環境ならパッケージや場合によっては埋め込みや埋め込み解除なども駆使しましょう。
とういわけで、リンク周りの挙動について知る限りの内容をこちらにまとめさせていただきました。
重要なことを書き忘れていましたが、こちらの一連の記事は基本CS5での挙動です。バージョン違いによる仕様変更などはあるかもしれません。もし間違いや追加情報、お気づきの点などありましたらコメントなど頂けたら助かります。
以上で「知ってるつもりのIllustrator（リンク編）」はおしまいです。
