これはIllustratorファイル内の絶対パス表記どおりにたどった事故というので、まあまあ想定の範囲内。リンクしなおしの事故というのは例えば http://dtp-bbs.com/mt/dtpbbs/archives/illustrator_20080206172627.html#004 の状況
詳しくはリンク先を見ていただくとして、イチロー君はどこ？と聞かれて「あそこにいたよ」、と答えてしまうとIllustratorを終了するまで同一階層に正しいファイルがあっても先にそのフォルダを探すようになる、ということですね。
さらに困ったことに、たまたま同姓同名の山田太郎君や田中将大君いた場合、同一人物とみなします。
ちょっと検証。
5枚のファイルをリンク配置。
リンク元フォルダ。これを削除します。
リンク切れの警告が来ました。画像2フォルダからリンクをかけます。このフォルダの2～5は元リンクと違う画像です。2.tifは違うファイルなのでスルーして、1.tifをかけ直すと、
以後は警告無しで間違ったリンクをかけて開いてしまいました。
まずい、と思って保存せずに閉じても、
もう後の祭りです。開いただけで無警告同名ファイルリンク事件発生です。
再びリンク外れてるとは言ってくれませんし、何枚開いても勝手にリンクかけちゃいます。
このように外部からの入稿データなどでリンクが外れている時は、複数のファイルを作業したときには警告無しで違うファイルにリンクがかかる可能性があります。リンクのかけ直し作業には十分注意しましょう。
リンクを無視して開いてから、任意のファイルを再リンクするぶんにはこのような現象は起きません。
ちなみにこの現象、InDesignでも起こります。しかし、同一階層に同名のファイルがある場合はそちらが優先されます（同名でも違うファイルならちゃんと警告が出ます）。
CLさん、ありがとうございました。
今度は大丈夫でしょうか^^？