アピアランスのようにアフターエフェクツな機能は状況によって効果が変わります。
例えば、テキストに線を追加、線を効果で長方形にして、天地に1ミリ左右に5ミリプラスするとします。

この場合、テキスト増えようが減ろうが、2行になろうが100行になろうが、テキストに天地1ミリ左右5ミリの余白ができます。

しかし、「天地、左右」という設定なのでオブジェクトを90°回転したときには天地と左右が入れ代わります。

45°だとなんだかも~って感じになってしまいます。

フローチャートなんか作って回転したらと思うとゾッとします。
このような場合、変形する前に「アピアランスを分割」しなければなりませんが、そうすると効果としての機能は無くなります。
他にも、「矢印にする」などは線幅を変えてしまうと矢尻の大きさも変わってしまうし、ラスター系のぼかし効果を使うと、解像度を変えるとボケアシの幅も変わってしまいます。
逆に影文字などは、「右下方向に1ミリのカゲ」などの指定ならばアピアランスを保っていれば回転をかけても常に右下1ミリになります。

バージョンが上がるにつれて、効果のような機能が増えています(CS4では「フィルタ」がメニューから消えたとか)。
Illustratorに限らず、このような機能は便利な反面、知らないと危険も増えるということを忘れないようにしましょう。