本の体裁やデータの作り方はそれぞれなのでこれが正しいわけではありません。
こんな考え方もあるという参考程度にご覧下さい。
比較するQuark XPressは3.3と4.1を規準にしています。
InDesignやQuark XPressを使用している方ならマスターページを知らない人はいないと思います。
マスターぺージを適用すれば、マスター上のアイテムがページ上に表示される機能です。
●マスターに置いたものを編集しない
マスターページはIllstratorのテンプレート（ひな形）のように、元を複製して編集していくという使い方ではなく、アイテムを一元管理する使い方が効果的です。
InDesignでは、「マスター＝編集しないものを置くページ」です。
イメージ的には、通常ページはマスターをクリアファイルに入れたようなもので、その上にアイテムを置くような感じです。
この方式ならば、誤って編集することもなく、複数ページに散らばったものに手を加えたかどうかを一目で判断できます。
ページ上で個々に編集をしない限り、「マスターアイテム＝ページアイテム」の構図が成り立ちます。
つまり100ページあれば、マスターを一箇所直せば100箇所直るのです。
まずは編集するもの、ページに固定するものを見極めてマスターを作成しましょう。
もちろん、作り方によってはオーバーライドや分離して使うこともあるので、絶対さわるな、ということではありません。