法律を知らずに間違って農地を家をしてしまった場合はどうなるのでしょうか?

農地転用は農地法に基づいて行われることとされています。

 

農地法は法律ですので、知らなかったとしても無断の農地転用は違法行為です。

(基本的に法律の無知では免責されません。知らなかったでは済まされないということです。)
農地法の第64条には、農地法の許可を得ずに転用したり、
虚偽をもって許可を受けた者に対して「三年以下の懲役又は三百万円以下の罰金」という罰則の規定があります。
事前の手続きは確かに面倒ですが、こうした厳しい罰則を与えることで手きを促そうという政府を意思を感じます。
ではすでに無断転用をしてしまった方はどう対応すればよいのでしょうか?

1つは原状復旧、つまり、農地の状態に戻す。
2つは無断転用の状態で事後的に許可を取る。
というやり方があります。というかそれしかありません。

あと今更言いずらいかもしれませんが役所の窓口に相談すべきです。

窓口では、状況に応じて最適な方法を教えてくれると思われます。
無断転用の経緯を伝え、わざとではない、反省しているという思いを示せば
窓口担当者には恐らく悪い対応はされないと思われます。

そこで1の原状回復は現実的に困難であると考えられることから

2,の事後的に許可を取る方向を目指してゆけばよいと考えます。