ポケモン クリスタルのバグ技です。
ゲームボーイ版、バーチャルコンソール版、どちらでも有効です。
ゲームボーイ時代のバグ技をバーチャルコンソール版で試したら成功しました
当時のバグ技が修正されずにそのまま引き継がれているようです。

※改造や乱数ではなく、バグ技です。バグ技が嫌いな方は読まずにスルーして下さいね

●女の子 主人公の姿をオレンジ色に、男の子 主人公の姿を青色に変更する方法。
①女の子でプレイしたい場合は、一度男の子で始めて主人公の部屋にいるところまで進んでください。
②一度レポートしたあと、リセットして今度は女の子で「さいしょからはじめる」を選択してください。
③主人公の部屋まで来たらレポートをします。この時、「ポケモンレポートにかきこんでいます。でんげんを きらないで……」くらいのタイミングでリセットします。
④そしてつづきから始めると、女の子の姿がオレンジ色に変わっています。
⑤男の子の姿を青色に変更したい場合は、上記の説明の男女を逆にすればOKです。
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●ポケモン金、銀、クリスタルで最初の御三家を全て入手する方法。
ゲームボーイ版、バーチャルコンソール版、どちらでも有効です。
※改造や乱数ではなく、バグ技です。この方法でゲットした御三家は、ポケモンバンクを通してウルトラサン・ウルトラムーンへ送ることができます。
①ウツギ研究所へ行き、博士と話す所まで進め、御三家を選ぶ直前でレポートを書いてください。
②御三家を選び終わったら (御三家はどれを選んでも構いません)、ヨシノシティを通って30番道路へ。ポケモンじいさんから「ふしぎなタマゴ」、オーキド博士から「ポケモン図鑑」をもらい、ウツギ研究所へ戻ります。ウツギ博士にふしぎなタマゴを渡し、研究員から「モンスターボール」をもらう所までストーリー進めます。
③モンスターボールを使って野生のポケモンを2匹捕まえたら(種類は何でもOK)、ヨシノシティのポケモンセンターにいき、パソコンを開いて御三家と捕まえたポケモンを1匹預けます。
④ボックス変える際にレポートを書くか聞かれるので、書く直前で3DS下画面のタッチでメニューを押してリセットを押してください。
※「ポケモンレポートに かきこんでいます でんげんを‥」のタイミングで消すと成功します。
⑤ゲームを再起動すると、ウツギ博士から御三家をもらう前に戻っているので、次は選ばなかった御三家を選びます。 ヨシノシティのポケモンセンターにいき、パソコンを開くと、リセット前に預けていた御三家が入ってるので引き出して下さい。
⑥上記の「モンスターボールを使って野生のポケモンを2匹捕まえる」手順まで進めたら、ポケモンセンターのパソコンを開いて手持ちの御三家2匹をボックスに預け、④の時と同じくボックス変える際にレポート直前でリセットを押します。
※「ポケモンレポートに かきこんでいます でんげんを‥」のタイミングで消すと成功します。

⑦再起動すると、またウツギ博士から御三家をもらう前に戻っています。最後に選ばなかった御三家を選んだあと、ヨシノシティのポケモンセンターにいきボックスを開くと先ほどの御三家2匹が入ってるので引き出してください。これで全て揃います。