1991年（平成３年）文部省は、それまで50日以上としていた不登校ひきこもりの調査を、年間30日以上として行うようになりました。
また、長欠率がどんどん上昇する中で1992年には、文部省より「不登校ひきこもり（登校拒否）問題について」という報告書が出ています。
その中で、初めて「登校拒否はどの児童生徒にも起こりうるものである」という理解を示し、その後これまでの登校拒否という言葉に変わって、不登校という言葉を使うようになりました。
これは登校拒否（school refusa1）のrefusalは、本来は「障害を目の前にしてすくむ，立ちすくむ」という意味であり、拒否というとかなり強い拒絶感が感じられ、訳語としての問題もあり、最近では「不登校」という言葉が用いられています。
また不登校には「学校に行けていない状態」という広い意味でとらえられ、怠学傾向や非行の問題までを含んで考えられるということで、最近はよく使われています。
これは、最近の登校拒否と怠学の境界が曖昧になってきており、両者に共通する部分もあると理解し、関わっていく必要があるのではという流れとも一致するものです。
また、当時文部省は不登校への支援として、適応指導教室の整備、専門機関での出席扱いの柔軟化、中学卒業認定試験の弾力化などを打ち出し、さらに1995年（平成７年）には不登校の発生率の高い中学校を中心に、スクールカウンセラーの配置を開始しました。
そのような中、2002年（平成14年）に、それまで増加の一途をたどっていた不登校の数がはじめて減少に転ずるのです。
その後2003，2004年と人数・発生率ともに減少を続けています。しかし、この減少の中には出席扱いになっている適応指導教室や別室登校の子どもは不登校に含まれていない可能性があり、また全国に12万人以上の不登校ひきこもりの子ども達がいることにかわりはないのです。