デスクトップアプリケーションでも、大手のソフトウェア会社ならば通常、開発時はデバッグバージョン (デバッグビルドとかチェックドビルドといいます） で開発を行います。それで開発及びテストを実施します。そして、運用（リリース）時にフリービルド （リリースビルドとも言います） でビルドし、最適化を行ってからリリースします。
チェックドビルドでは、デバッグトレースコードやアサーションが山ほど埋め込まれ、コンパイル時における最適化のオプションははずされます。これにより、何か問題があった場合に速やかに問題箇所が特定できます。
リリースビルドではそれらは取り除かれ、かつ、バイナリも最適化のオプション付きでコンパイルします。これにより、プログラム実行時の効率・速度を向上させます。
JavaScript でも、開発時のコードとリリース時のコードは変えましょう。
開発時のコードは、コメントやデバッグ用のコードを埋め込むべきです。しかし、リリース時にはそれらは完璧に無駄です。
YUI Compressor を使って Script と CSS を最小化する方法
↑ このページに、リリース時に JavaScript のコードサイズを最小化する方法が書いてます。リリース時にはその方法で、最適化してからリリースしましょう。