カテキンが抗ウイルスにいいと言うのは朗報だけど、イベルメクチン効果なし、レムデシビルの方が効果あるという結論に違和感を覚えるのはうちだけかしら。実際の使用データではイベルメクチンすごい効果なんだもん。
エピガロカテキンガレート（EGCG）
茶葉中の各成分の含有量は、EGCG>EGC>ECG>ECの順であり、これらを合計すると茶葉乾燥重量の13~30％程度を占める。 各カテキン類の生理活性は数々の報告があるが、とりわけEGCGは他のカテキン類やポリフェノール類に比べて高い抗ウイルス活性を示す。
お茶
緑茶(100 g あたり 7380 mg)、白茶(100 g あたり 4245 mg)、少量の紅茶(100 g あたり 936 mg)の乾燥葉に多く含まれています。[3]紅茶の製造中、カテキンは主にポリフェノールオキシダーゼを介してテアフラビンとテアルビジンに変換されます。[どれ？] [4]
その他
リンゴの皮、プラム、タマネギ、ヘーゼルナッツ、ピーカン、キャロブパウダーに微量が含まれています(100 g あたり 109 mg)。[3]潜在的な毒性
2018年のレビューでは、EGCGの過剰摂取が肝臓毒性を引き起こす可能性があることが示されました. [14] 2018 年、欧州食品安全機関は、毎日 800 mg 以上を摂取すると肝障害のリスクが高まる可能性があると述べました。[15]毒性の程度には個人差があり、遺伝的素因や摂取期間中の食事、その他の要因によって毒性が増強されることが示唆されています。[16]
ラットの研究では、肝臓のEGCG濃度は血漿中の約4倍であることが示されています. [17]毒性作用は肝臓に見られ、他の臓器や組織には毒性作用がありません。[17] 抗酸化物質は、EGCG の毒性効果を軽減する可能性があります。[17]
カプセルまたは錠剤として摂取した場合、EGCG は 1 日 338 mgが安全と考えられていますが、茶飲料として摂取した場合は 1 日 704 mg が安全です。[14]緑茶100 mLには、約 70.2 mg の EGCG が含まれています (1 杯あたり約 165 mg)。[18]
▼緑茶成分EGCG
— 理科の時間 (@rikanojikan) August 5, 2022
インドの分子モデル研究
▶︎ウイルスMproへの阻害力
EGCG＞レムデシビル＞イベルメクチン
▶︎スパイク蛋白質への阻害力
レムデシビル＞EGCG＞IVM
※IVMは作用値なし
さらに
EGCGのスパイク阻害値は
これまでの変異株の中で
対オミクロンが最強値だった。https://t.co/quB1yWfTxy
扁平苔癬薬は、分子ドッキングと分子動力学シミュレーション アプローチを通じて潜在的な抗 COVID-19 治療薬として再利用されています
ウンナティ ソニ 1、 プラチュシュ・シン 2、 オム・プラカシュ・グプタ 3、 シャリーニ・グプタ 4、 サウラブ・プラタップ・シン 4、 プレナ・シン 4、 サンジータ・シン 1、 クリシュナ・ミシュラ 1
所属 拡大
PMID: 35475273 PMCID : PMC9036082
無料の PMC 記事
全文リンク引用する
概要
背景と目的: 本研究は、慢性皮膚粘膜疾患である口腔扁平苔癬 (OLP) の治療に使用される 17 の選択された薬剤を使用して、COVID-19 の主要なタンパク質を標的とすることにより、COVID-19 を調査することを目的としています。ここでは、特定のタンパク質を標的とするさまざまな薬物の構造をよりよく理解する試みが行われ、治療および予防手段に役立つ薬物の開発に役立ちます。
方法: インシリコ研究では、COVID-19 に対する OLP の治療に使用された治療薬 (n = 17) を再利用するために、分子ドッキングと分子動力学シミュレーションが実行されました。さらに、主要なタンパク質スパイク糖タンパク質、コロナウイルスのメインプロテアーゼ (M pro )、および人体におけるアンギオテンシン変換酵素-2 (ACE-2) の最大結合親和性が、選択された薬物で評価されました。
結果: エピガロカテキン-3-ガレート (EGCG) は、再利用のために選択された薬物の中で最高のドッキング値を示しました。標的タンパク質の中で、EGCG は ACE-2 受容体との最大の結合親和性を示しています。さらに、分子動力学シミュレーション研究によると、EGCG は M proとのコンフォメーションの変動が最も少ないことが示されています。
結論: EGCG は、ACE-2 受容体と結合して、主に SARS-CoV-2 の M proタンパク質とスパイク糖タンパク質 の相互作用を阻害する可能性のある阻害薬になる可能性があります。
患者への関連性: 天然化合物である EGCG は、SARS-CoV-2 に対してかなり高い親和性と安定性を持つ抗ウイルスの可能性を示します。必要な臨床試験の後、COVID-19 患者の治療管理のために、SARS-CoV-2 の選択的阻害剤に対する主要な薬剤としてさらに採用される可能性があります。
キーワード: SARS-CoV-2; アンギオテンシン変換酵素-2; メインプロテアーゼ; 口腔扁平苔癬; スパイク糖タンパク質。
著作権: © 2022 Whioce Publishing Pte. All rights reserved. 株式会社
1.はじめに
新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の最近の世界的な前例のない発生は、世界中の医療従事者と歯科医師に打撃を与えました。最近の統計によると、covid-19 感染者はすでに世界中で 2 億 1,900 万人を超えており、そのうち 4,550 万人が死亡しています [ 1 ]。壊滅的な影響は、特に医療施設が脆弱な私たちのような発展途上国で、世界中で警報を発しています。世界中の医療関係者は、2019 年 12 月 12日に中国の武漢市で最初に記録されたコロナウイルスによって引き起こされる病気の発生を防止および制御するために最大限の努力を払っています。世界保健機関 (WHO) は 11 日に2020 年 2 月、COVID-19 と命名される現在のパンデミック病は、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス 2 (SARS-CoV-2) によって引き起こされると正式に発表されました。COVID-19 はコロナウイルス科 (サブファミリーコロナウイルス科) に属し、感染したメンバーは、一般的な風邪、喉の痛みから重度の肺炎に至るまでの初期の兆候と症状を引き起こし、最終的に死に至ります [ 2]。COVID-19 を制御するためのこの期間に、この病気の拡散を検出、診断、防止するためのさまざまな手段が登場しましたが、まだ成功した治療法は開発されていません。しかし、ロピナビル、リトナビル、抗ウイルス薬、クロロキン、ヒドロキシクロロキン、回復期血漿、幹細胞療法など、COVID-19 患者に何らかの結果を示した薬はまだほとんどありません。したがって、SARS-CoV-2 の拡散を防ぐために、潜在的な治療薬を決定する必要性が高まっています [ 2、3 ]。]。進行中の研究では、大規模な化学ライブラリーのスクリーニングにつながる可能性のある高度で複雑な計算アプローチを利用して、多くの試みが行われています。有望な治療薬を迅速に開発するには、スクリーニング試験と臨床試験の方法だけでは不十分な場合があります。バイオインフォマティクスの一部を含む計算生物学は、分子ドッキング (MD) ベースの仮想ハイスループット スクリーニング (vHTS) などの生物学的データの収集と分析に基づいてアルゴリズムを開発するために使用される重要なツールでもあり、医薬品の設計に役立ちます。それらの化学構造に基づいて、さまざまな化学ライブラリーの中から潜在的なリード薬を見つけます [ 2 ]。
SARS-CoV-2 の遺伝子配列決定は、メイン プロテアーゼ (M proまたは 3CL pro )、その病態生理学で重要な役割を果たすスパイク糖タンパク質 S1 サブユニット、およびヒト アンギオテンシン変換酵素-2 (ACE-2)などのいくつかのタンパク質をコードします。ウイルスの侵入点として機能する人体の受容体は、私たちの研究の主要な部分です [ 3 ]。したがって、私たちの研究の主な目標は、これらのコード化されたタンパク質に対抗し、ACE-2受容体との相互作用を阻害できるリードドラッグを見つけることです.
1.2. 扁平苔癬とCOVID-19との相互作用とその影響
口腔扁平苔癬 (OLP) は、慢性炎症性自己免疫疾患です [ 4 ]。それは主に CD8 + T 細胞を介した自己免疫応答であり、その病因にはリンパ球の上皮への移動が含まれ、したがって特異抗原、T 細胞リンパ球の開始、増殖、および角化細胞の死滅に遭遇します。また、基底膜の破壊、肥満細胞の放出、ケモカイン、および主に MMP-2 と MMP-9 [ 4、5 ]のマトリックス メタロプロテイナーゼ (MMP) の活性化も含まれます。ACE-2 は、ACE とある程度の相同性を共有し、多くの疾患におけるレニン-アンギオテンシン系の負の役割を相殺することができ、また、さまざまな人間の臓器や組織で乱暴に発現し、広範な生物学的活性を持っています [ 6 - 8]。したがって、さまざまな場所での ACE-2 の存在は標的部位として機能し、通常はレポートによると、口腔は主に COVID-19 ウイルスが侵入して即座に作用する可能性のある部位と見なされます [ 6 ]。
ウイルスに存在する SARS-CoV-2 スパイク糖タンパク質には受容体結合領域が含まれており、宿主細胞の細胞表面に存在する ACE-2 受容体に結合し、その機能が失われます。この要因は、すべての研究戦略がこの領域をターゲットにして潜在的な薬、抗体、またはワクチンを開発しているため、最も重要です[ 7、8 ]。Mプロ（Mプロまたは3CLプロ）スパイクタンパク質をサブユニットに分解し、ウイルスが宿主細胞で成熟して複製するのを助けます. 通常、ACE-2 はアンギオテンシン II をヘプタペプチド血管拡張性 Ang 1 ～ 7 に分解し、次に ACE と ACE-2 の間のバランスを維持し、アンギオテンシン II レベルを調節します。しかし、この機能は、SARS-CoV-2 による結合に続く ACE-2 の機能喪失により損なわれ、アンジオテンシン II レベルが制御されなくなりま
す[ 6、8]。研究によると、OLP では、正常な頬粘膜の 20% と比較して 60% の脱顆粒マスト細胞が存在することが示されています。脱顆粒マスト細胞の活性化は、CD8+ 細胞傷害性細胞との相互作用の後に起こり、腫瘍壊死因子 α (TNF-α)、キマーゼ、トリプターゼなどの炎症誘発性メディエーターが放出され、T 細胞が活性化されます。発現および分泌される T 細胞 (RANTES)。したがって、RANTES は CCR + マスト細胞と炎症細胞を上皮に引き寄せ、さらにマスト細胞の脱顆粒を引き起こし、悪循環に導きます。マスト細胞、内皮細胞、間葉細胞に由来するキマーゼは、アンギオテンシン II レベルの調節に役立ちます[ 6、8]。マスト細胞の脱顆粒の増加により、大量のキマーゼが放出され、アンギオテンシン I をさらに切断してアンギオテンシン II を生成し、その結果 ACE-2 が増加しますが、ウイルスがその受容体に結合することにより、その機能が失われ、バランスが崩れると仮定しました [ 6、7 ]。したがって、ACE-2-Ang1-7-Mas 軸および ERK1/2 シグナル伝達経路を介して、主に MMP-2 および MMP-9 の MMP の発現にさらに影響を与えます[ 9、10 ]。
アンギオテンシン II の効果には、本質的に非血行動態である炎症誘発性、増殖性、および線維化促進性の活動が含まれます。アンギオテンシン II は、IL-6、IL-12、IL-12 などのサイトカインの発現を促進することにより、腎臓、心臓、血管系などの組織で炎症メディエーターとしても機能します [ 8 - 10 ]。さらに、アンギオテンシンＩＩは、移動中の樹状細胞を調節するアンギオテンシン１型受容体（ＡＴ １Ｒ）およびアンギオテンシン２型受容体（ＡＴ２ Ｒ）の形成をもたらす。これらの受容体は T 細胞にも作用し、ケモカイン/サイトカインの活性化、増殖、放出を引き起こし [ 10 ]、OLP と COVID-19 の状態をさらに悪化させます。
Covid-19を治療するための臨床試験研究では、ヒドロコロキンや他の多くの薬が使用されています。これらのいくつかの薬物は、OLP の治療にも頻繁に使用されるため、OLP と Covid-19 で見つかったこれらの薬物の標的となる類似のタンパク質はほとんどないに違いないと仮定しました。広範なMDベースのvHTSを採用した後、OLP疾患の治療に使用されるさまざまな薬理学的特性と免疫調節活性のために、近年調査されている本研究のデータベースから17の潜在的な化合物を特定しました。プレドニゾン、ダプソン、フルオシノニド、クルクミン、エピガロカテキン-3-ガレート (EGCG)、フェンレチニド、フェニトイン、ヒドロキシクロロキンなどの薬物は、抗炎症、抗腫瘍、抗真菌、抗酸化、免疫抑制 [ 3]。私たちの仮説は、これらの選択された薬が、COVID-19 および OLP の原因となるさまざまなタンパク質を標的とすることによって阻害または抑制し、自然で安価な治療戦略を提供する可能性があるというものです。また、OLP 患者が COVID-19 の影響を受けている場合、これらの薬はこれら 2 つのエンティティ間のギャップを埋め、以前は欠けていた解決策を提供してくれる可能性があります。
2.材料と方法
2.1. リガンドの検索と準備
慢性炎症性疾患のOLPに対して一般的に使用されているCOVID-19の治療薬として転用が提案されている薬剤の構造を文献調査により選定しました。この研究では、レムデシビルとイベルメクチンが参照抗ウイルス薬として選択されました。化合物の三次元配座異性体は、PubChem データベースからダウンロードされました。Schrödinger の Ligprep モジュールで Optimized Potentials for Liquid Simulations-3 (OPLS3) を採用することにより [ 11 ]、構造は効率的で正確なエネルギー最小化された 3D 分子モデルに変換されました。
2.2. 標的タンパク質の選択と調製
薬物標的の三次元構造は、SARS-CoV-2 のスパイク糖タンパク質の M pro (PDB ID: 6LU7) および S1 サブユニット (PDB ID: 6VYB) と、人体のそれらの受容体、すなわち、ヒト ACE-2 ( PDB ID: 1R42) は、RCSB Protein Data Bank から取得されました。タンパク質構造は、Schrödinger の Maestro スイートである Protein Preparation Wizard [ 12 ] を介して、不要な鎖と水分子を削除するための前処理、結合順序の割り当て、水素原子の追加の 3 つのステップで処理されました。次に、分子を最適化し、最後に OPLS3 力場を利用して、タンパク質構造の制御された最小化を行いました。Schrödinger の Receptor Grid Generation of Glide モジュールは、グリッド ファイルの生成に使用されました [ 13]。文献から予測された活性部位が受容体グリッドの生成に使用され、スパイクタンパク質の活性部位はアミノ酸残基 LYS417、GLY446、TYR449、ASN487、GLN493、GLY496、THR500、および GLY502 で構成されています。同様に、ヒト ACE2 タンパク質の活性部位には、ASP30、GLN42、ASP38、GLN24、TYR83、GLU35、LYS353、TYR41、および LYS353 が含まれます [ 14 ]。一方、酵素 Mpro の相互作用するアミノ酸残基には、LYS5、THR25、GLN10、LYS137、LEU141、ANS142、GLY143、SER144、CYS145、TYR154、HIS164、MET165、GLU166、GLN189、ASP197、ANS238、ILE249、GLU288、GLU22909 が含まれます。 、PRO293、 PHE294 、VAL 297 、および ARG298 [ 15、16 ]。
2.3. MD
Maestro 12.4 (Schrodinger 2020–2) は、M pro、スパイク糖タンパク質、およびヒト ACE-2を含む選択された OLP 薬の MD に使用されました。タンパク質とリガンドの調製後、受容体グリッドは活性アミノ酸残基を使用して生成され、さらにタンパク質とリガンドのドッキングに使用されます。Maestro スイートの Ligand-Docking 機能を特別な精度 (XP) で使用して、ドッキングとさまざまなドッキング パラメーターの計算を実行しました。リガンドは柔軟に保持されましたが、タンパク質は剛性であると見なされ、Epik 状態のペナルティが適用されました。最後に、ポーズビューアファイルを計算のプロセスの出力として使用しました。PyMol 2.4.0 は、マージされたタンパク質-リガンド複合体の 3D 構造の視覚化、編集、および生成に使用されました。
2.4. 分子動力学シミュレーション (MDS)
ドッキングされた複合体の MDS 研究は、標準の CHARMM36 全原子力場を備えた Groningen Machine for Chemical Simulations (GROMACS 2019.6) パッケージを使用して実行されました (Huang and MacKerell, 2013)。3 つのタンパク質-リガンド複合体は、立体構造と安定性の分析のために選択されました。PRODRG サーバーを使用して、リガンド ファイルのトポロジー ファイルを生成しました (Schüttelkopf および Van Aalten、2004 年)。複合体の溶媒和には、境界が 1.2 nm の 12 面体ボックス内の TIP3P 水モデルが選択されました。システム電荷を中和するために、複合体に対イオン（ＮａＣｌ）を添加した。システムのエネルギーを最小化するために、制約のない最急降下アルゴリズムが 5000 ステップで実行されました [ 17]。５つの複合体の平衡化は、３００Ｋの温度および結合定数τ ｔ＝０．１ｐｓで５０００ｐｓの期間、ＮＶＴおよびＮＰＴ条件下で行われた。システムの温度と圧力を維持するために、ベレンセン弱結合法が使用されました。重い原子の結合長を制約するために、線形制約ソルバー (LINCS) アルゴリズムが使用されました [ 18 ]。最後に、各システムで 50 ns の生産実行が実行されました。ファン デル ワールス相互作用はレナード ジョーンズ ポテンシャルを使用して維持され、粒子メッシュ Ewald 法が静電相互作用に使用されました [ 19]。シミュレーション時間全体で、2ps ごとの最終的な座標軌跡が保存されました。gmx_rmsd、gmx_rmsf、gmx_gyration などの GROMACS モジュールを使用して、MD 軌道を分析しました。さらに、QTgrace ツールが MD 結果の解釈に利用されました。SourceForge.net、」nd)。
2.5。MMGBSAによる結合エネルギーの予測
ドッキング研究の検証を改善するために、Maestro の Prime-MMGBSA (一般化されたボルンおよび表面積連続溶媒和と結合した分子力学エネルギー) を使用して、リガンドのリストの相対結合エネルギーを推定しました (kcal/mol で報告)。計算された結合エネルギーは、推定された結合の自由エネルギーです。したがって、負の値が大きいほど、リガンドとタンパク質の結合が強いことを示します。結合エネルギーは、次の式に基づいて計算されます。
MMGBSA dG Bind = dG (複合体) – {dG (受容体) + dG (リガンド)}
3. 結果
3.1. リガンドの検索と準備
OLP の治療に使用されている文献調査に基づいて、合計 17 の薬剤が選択されました。選択された薬剤の詳細とその PubChem ID および薬理学的特性は、表1. それらの構造は、補足データ (表1）。
表1
OLP に対して使用される薬物のリストとその構造および薬理学的特性。
| いいえ。 | OLPに対して使用される薬 | PubChem ID | 薬理学的特性 |
|---|---|---|---|
| 1. | ヒドロキシクロロキン | 3652 | 免疫抑制、抗オートファジー、抗マラリア |
| 2. | プレドニゾン | 5865 | 抗炎症および免疫調節 |
| 3. | ダプソン | 2955 | 抗炎症および抗菌 |
| 4. | フルシノニド | 9642 | 抗炎症および鎮痒 |
| 5. | クルクミン | 969516 | 抗炎症、抗腫瘍、抗真菌 |
| 6. | アザチオプリン | 2265 | 細胞傷害性および免疫抑制性 |
| 7。 | エピガロカテキン-3-ガレート | 65064 | 酸化防止剤 |
| 8. | トリアムシノロンアセトニド | 6436 | 免疫抑制および抗炎症 |
| 9. | フェニトイン | 1775年 | 抗けいれん活性を有する非鎮静性抗てんかん薬 |
| 10. | グリセオフルビン | 441140 | 静菌剤 |
| 11. | トリオサレン | 5585 | 光増感剤・皮膚科用薬 |
| 13. | タクロリムス | 445643 | 免疫抑制剤 |
| 14. | プロピオン酸クロベタゾール | 32798 | 抗炎症、鎮痒、血管収縮 |
| 15. | レバミゾール | 26879 | 抗線虫薬、抗リウマチ薬、免疫調節薬、および免疫学的アジュバント |
| 16. | フェンレチニド | 5288209 | 抗腫瘍薬および化学予防薬 |
| 17. | イソトレチノイン | 5282379 | 抗悪性腫瘍剤、角質溶解剤および催奇形剤 |
| 参照抗ウイルス剤 | |||
| 1. | レムデシビル | 121304016 | 抗ウイルス薬、プロドラッグ、抗コロナウイルス薬 |
| 2. | イベルメクチン | 6321424 | 抗寄生虫、抗ウイルス、抗感染 |
3.2. 標的タンパク質の選択と調製
ドッキング研究のために選択されたタンパク質構造を図に示しますなフィギュア11-な-33補足データにそれぞれ与えられたスパイクタンパク質、ACE-2、および M proについて。ドッキングに利用される動的サイトの重心を識別するグリッド ボックスが生成されました。生成されたグリッドは、すでに存在している可能性のあるリガンドを除外することによってタンパク質の位置を決定し、それによって予想される活性部位の位置と範囲を決定します。（x、y、z）軸の受容体のグリッド座標は次のとおりでした表 2:
エピガロカテキン-3-ガレートとスパイク糖タンパク質の相互作用イメージ。
図 3
メインプロテアーゼとエピガロカテキン-3-ガレートの相互作用イメージ。
表 2
分子ドッキング用のタンパク質とグリッド ボックス センター。
| タンパク質 | 中心 | ||
|---|---|---|---|
|
|
|||
| バツ | y | ぜ | |
| スパイク糖タンパク質 | 233.73 | 184.06 | 275.44 |
| ヒトACE2 | 78.79 | 76.84 | 32.52 |
| メインプロテアーゼ | −23.57 | 11.16 | 57.84 |
図 2
Human ACE-2とエピガロカテキン-3-ガレートの相互作用イメージ。
3.3. MD
Spike、ACE-2、および Mpro のタンパク質構造を OLP 治療で使用される選択された薬物とドッキングするための Glide モジュールを通じて得られた結果は、ドッキング スコアとリガンド受容体複合体のグライド エネルギーに基づいています。の表 3. EGCG は、選択したすべての標的タンパク質、すなわち、Spike (-5.169)、ACE-2 (-5.583)、および M-pro (-5.020) に対してより負の結合エネルギーを示します。これは、それらに対して最高の結合親和性を有することを意味します。さらに、クルクミン (-4.746) およびフェンレチニド (-4.417) も、スパイクタンパク質に対してより高い結合親和性を有することがわかりましたが、ACE-2 および Mpro に対してはそうではありませんでした。ドッキングスコアが非常に低いため、他の選択された薬は効果的であることが判明していません. すべての中で、レバミゾールは、スパイクと ACE-2 でそれぞれ -1.627、-1.757 という最低のドッキング スコアを示しました。一方、Mproタンパク質については、フェンレチニドが最も低いドッキングスコア、すなわち-1.364を示した。
表 3
スクリーニングされた薬物と 3 つの標的タンパク質すべての分子ドッキングの結果。
| いいえ。 | OLPに対して使用される薬 | ドッキングスコア | ||
|---|---|---|---|---|
|
|
||||
| スパイク糖タンパク質 (PDB ID: 6VYB) | ACE-2 (PDB ID: 1R42) | メインプロテアーゼ (PDB ID: 6LU7) | ||
| 1. | エピガロカテキン-3-ガレート | −5.169 | −5.583 | −5.020 |
| 2. | クルクミン | −4.746 | −2.982 | −2.949 |
| 3. | フェンレチニド | −4.417 | −2.064 | −1.364 |
| 4. | フェニトイン | −3.496 | −2.803 | −2.234 |
| 5. | ダプソン | −3.419 | −2.957 | −3.594 |
| 6. | ヒドロキシクロロキン | −3.416 | −3.732 | −2.609 |
| 7。 | プレドニゾン | −3.322 | −3.474 | −4.439 |
| 8. | トリオサレン | −2.952 | −2.626 | −2.174 |
| 9. | グリセオフルビン | −2.943 | - | −2.184 |
| 10. | イソトレチノイン | −2.689 | −2.273 | −0.354 |
| 11. | フルシノニド | −2.683 | −2.490 | −3.167 |
| 12. | プロピオン酸クロベタゾール | −2.576 | - | −1.842 |
| 13. | トリアムシノロンアセトニド | −2.565 | - | −2.33 |
| 14. | アザチオプリン | −2.390 | −2.730 | −2.785 |
| 15. | レバミゾール | −1.627 | −1.757 | −1.780 |
| 16. | タクロリムス | - | - | −2.158 |
SARS CoV-2標的タンパク質に対する薬物EGCGのドッキング結果は有望であることがわかっているため、COVID-19に対する治療薬として再利用することを提案できます.
薬物エピガロカテキン 3-ガレートのドッキング結果は、SARS CoV-2 の 3 つの標的タンパク質すべてに対して最も高いことがわかっています (詳細なドッキング結果は、表4)、したがって、COVID-19 に対する治療薬として転用されることが示唆される可能性があります。さらに、これらのタンパク質のアミノ酸の相互作用をよく表した相互作用画像。スパイクタンパク質、ヒト ACE-2 および Mpro は図に示されています。なフィギュア11-な-33それぞれ薬EGCGと一緒に。また、EGCG とともに、クルクミン、フェンレチド、およびプレドニゾンも標的タンパク質との有望な相互作用を示しており、かなりのドッキング値があります。それらの結合相互作用図は補足データに含まれています。
表 4
分子ドッキングは、標的タンパク質とのエピガロカテキン-3-ガレートをもたらします。
| 標的タンパク質 | ドッキングスコア | グライドグスコチェ | グライド emodel | 滑空エネルギー | 相互作用するアミノ酸 | インタラクション タイプ |
|---|---|---|---|---|---|---|
| SARS-CoV-2 スパイクタンパク質 S1 サブユニット (PDB ID: 6VYB) | −5.169 | −5.248 | −54.697 | −45.585 | SER 494、GLY 496、TYR 505 | 3 水素結合 |
| ヒトアンギオテンシン変換酵素 2-ACE2 (PDB ID: 1R42) | −5.583 | −5.661 | −50.564 | −44.632 | ASP 38、GLU 37、LYS 353、ALA 386 | 4 水素結合、1 塩橋 |
| SARS-CoV-2 Main Protease-M Pro/3CL (PDB ID: 6LU7) | −5.020 | −6.869 | −50.680 | −40.942 | GLU 288、GLU 290 | 3 水素結合 |
EGCG のドッキング スコアは、選択した 3 つのターゲットすべてに対して有望であることがわかりました。の表 5、標準または参照薬物との予測薬物のドッキングスコア間の比較が示されています。ドッキングの結果から、参照抗ウイルス剤レムデシビルはスパイクタンパク質との結合が良好であり、標的タンパク質に対して臨床的に有効であることがわかっていることがわかります。ただし、アプリケーションの増加に伴い。レムデシビルの副作用が検出され、臨床医の関心事になっていますが、イベルメクチンはスパイクタンパク質との相互作用を示していません. 私たちの予測薬EGCGも、すべての標的タンパク質と酵素に対して比較的有望な結果を示しています。
表 5
EGCG と参照薬のドッキングスコアの比較。
| 目標 | リガンド | ||
|---|---|---|---|
|
|
|||
| EGCG | レムデシビル | イベルメクチン | |
| ACE2 | −5.583 | −3.682 | −3.462 |
| ムプロ | −5.020 | −4.327 | −2.813 |
| スパイク | −5.169 | −7.120 | - |
3.4。MDS
3つすべての複合体、すなわちEGCGと1R42、6LU7、および6VYBのRMSDおよびRMSF軌跡が分析されました(図 4）。1R42-EGCG 複合体の場合、最初の 15 ns まで小さな偏差で RMSD 値が観察されました。その後、26 ns まで連続的な増減が見られ、35 ns まではほぼ安定していることが分かった。38ns まで再び大きな偏差が観察され、その後 45ns まで少し減少し、50ns の終わりに向かって再び増加しました。6LU7-EGCG 複合体の場合、RMSD 値は 28ns まで安定し、その後 35ns まで増加し、再び減少し、43ns まで安定したままでした。その後、47ns まで絶えず変動しました。再び減少し、50 ns の終わりまで安定したままでした。6VYB-EGCG 複合体の場合、RMSD 値は 32 ns まで徐々に増加し、45 ns で徐々に減少し、50 ns の終わりに向かって再び増加することが観察されました。1R42-EGCG、6LU7-EGCG、および 6VYB-EGCG 複合体の平均 RMSD 値は、ほぼ 0 であることがわかりました。74nm、0.5nm、2.25nm。RMSD プロットから、1R42-EGCG および 6VYB-EGCG 複合体と比較して、6LU7-EGCG 複合体が最小の偏差を示し、より安定したままであることが観察されました。
図 4
50 ns のシミュレーション時間で 1R42、6LU7、および 6VYB を使用した EGCG の MD シミュレーション軌跡の RMSD 解析。
さらに、3つの複合体のRMSFグラフを分析して、残基の挙動を調べました（図 5）。1R42-EGCG、6LU7-EGCG、および 6VYB-EGCG 複合体の平均二乗平均変動は、それぞれ 0.14 nm、0.10 nm、および 1.2 nm であることが観察されました。グラフは、1R42-EGCG および 6VYB-EGCG 複合体と比較して、6LU7-EGCG 複合体がコンフォメーションの変動が最も少ないことを明確に示しています。
図 5
(A) EGCG-1R42 複合体、(B) EGCG-6LU7 複合体、(C) EGCG-6VYB 複合体の 50 ns のシミュレーション時間での RMSF 解析。
選択したすべてのターゲットを使用した EGCG のシミュレーション後の結合モードを図に示します。なフィギュア66-な-88Spike タンパク質、ヒト ACE-2、Mpro をそれぞれ使用。
図 6
Spike タンパク質による EGCG の MDS 後の結合モード。
図 8
Mpro を使用した EGCG のポスト MDS 結合モード。
図 7
ヒト ACE-2 との EGCG の MDS 後の結合モード。
図 9
フローチャートは、口腔扁平苔癬と COVID-19 の間の可能な相互作用を示しています。MDスコアが-3未満のさまざまな標的タンパク質に作用するいくつかの薬物の仮説分析。