ＰＨＰの設定
http://www.sakura-vps.net/php-settings-for-sakura-vps/
これは素直に動いたが
Mysqlの設定
http://www.sakura-vps.net/mysql-settings-for-sakura-vps/
こっちが動かない。調べながら進む状況ですね。
とりあえずパッケージ達をアップデート？するコマンドで
アップデートしています。
結果的には、こちらのサイトを参考に
https://qiita.com/hi-ro-to/items/542cfe43e6a214a84cf7
エラーは続く。