日本身處地震帶，長年受到地震的威脅，地質學家研究指出日本會因為板塊移動而於四十年內陸沉。為了挽救日本人民，日本必須作出大規模的遷移，首相山本為此於世界各國奔波，並指派鷹森為危機處理局局長。在地質學家田所帶領下，潛艇駕駛員小野寺與結成深入高知縣的海底，竟然有驚人發現！根據田所博士的預測，日本只剩下338.54天！日本各地的火山因為板塊移動而不斷爆發，首相又下落不明，鷹森無計可施下，只好向田所求助。避免日本沉沒的方法只有一個：利用潛艇將導彈「N2」 埋在海底，炸毀板塊，犧牲部分日本土地以避免整個日本沉沒。小野寺於地震中拯救了小女孩美笑，在緣份的促使下認識了拯救員玲子，經歷了多次災難後，兩人互生情愫，但自己的國家面臨沉沒的危機，他到底會如何抉擇？自己離國以保安全還是與國家同輩共存亡？
《日本沉沒》改編自小松左京同名科幻小說，他由1964年開始執筆，花了10年的時撰寫。小說於1973年出版推出後，銷量高達三百八十五萬本，並獲得「日本史上最暢銷讀物」的稱譽。《日本沉沒》將日本的地理環境、社會動盪與末日啟示融合，因而被東寶電影有限公司看中，立即將小說改編成為電影。電影成功引起了觀眾廣泛的關注，更掀起了一股日本災難片的風潮，30年間多次被改編為成電視劇、特攝電視劇及廣播劇。
2006年版的《日本沉沒》再次打破多項紀錄，導演更揚言比前作更貼近原著更震撼，耗資更是日本史上最高製作費最高的電影，約二億港元。同時製作時獲得政府及各界的全力支持，包括日本防衛廳、陸上及航空自衛隊、東京消防廳及海洋研究等機構協助資料提供。為了呈現因為板塊移動而引發的一連串天災，《日本沉沒》使用了大量CG特技，令效果更為逼真。電影中出現的場景包括:北海道小樽的海嘯、奈良縣的洪水、富良野的地裂山崩等，香港人熟悉的東京塔、銀座的109大樓就如骨牌般倒下。電影中逼真的場景是由13間VFX(visual effect)公司，120位精英特技人員花了4個多月共同合作的成果。演員方面也是一時之選，包括草[弓剪]剛、柴崎幸、豐川悅司等。
聽落好吸引﹐以日本的高科技﹐相信那些CG特技場面應該不會比荷里活遜色。很想看﹐但對災難片又......每次看都很不安。