There is evidence from the bodies of ancient Egyptians, raised from their graves, that some people suffered nutritional deficiencies.
です。
There is evidence （from the bodies of ancient Egyptians, raised from their graves,） that some people suffered nutritional deficiencies.
このようにfromを括ったら分かりやすいですね。
evidence that some people suffered nutritional deficiencies. このthatは同格です。
「栄養失調で苦しんでいた人がいたという証拠」となります。
from the bodies of ancient Egyptians, raised from their graves
では、次にこれを考えます。
from以下は形容詞句と考え、
evidence from the bodies of ancient Egyptians, raised from their graves, をカタマリだと捉えるます。
evidence from Aで Aから得られた証拠です。
ここでAはthe bodies of ancient Egyptians, raised from their graves
分かりにくくしているのは、Egyptians, raised の間のコンマですね。
これは恐らく、
the bodies of ancient Egyptians raised from their gravesとやってしまうと、
Egyptiansと raisedの結びつきが強くなるからだと思われます。
raised from their graves は「墓から引き上げられた～」ですが、引き上げられたのはEgyptiansではなく、the bodies of ancient Egyptians 古代エジプト人の死体、なので、
raised from their graves は「the bodies of ancient Egyptians 」というカタマリに係っていくことを、明確にするためにコンマは入れられたと思います。
まとめると、evidence from the bodies of ancient Egyptians, raised from their gravesは
「墓から引き上げられた古代エジプト人の死体」になります。
これまでの二つの要素をまとめると、
evidence from A that~ で「Aから得られたthat以下という証拠」となります。
「墓から引き上げられた古代エジプト人の死体から得られた、（その当時）栄養失調で苦しんでいた人がいたという証拠」がある。
となります。
今回は、リーディングですが、
リスニングの場合は、thatが離れたときに、待ち構える姿勢が大切です。evidenceとか、factが来たら、同格のthatが来るかもしれないというように。
これはso~thatとかsuch~thatもいっしょです。so～～～～～～thatって離れる場合も十分に考えられます。
待ち構える、つまり予測力も大切ということですね。
リーディングもリスニングも先を読む想像力が重要だと思っています。
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