住宅金融支援機構の事業仕分けは、第一日目の作業チームＡグループ（以下ＷＧ）の最後に行われた。事前公表のスケジュールより大分遅れて（開始予定時刻１６：１５～→１７：３０～１９：００）始まった。
仕分け対象事業は、
（１）住宅資金貸付業務（まちづくり関連）
（２）住宅資金貸付業務（賃貸住宅関連）
（３）住宅融資保険業務
（４）証券化支援業務
の４つ。
ＷＧの評価結果は、（１）（２）（３）が事業の廃止、（４）が不要資産の国庫返納、と出た。ＷＧの評価者見解は、（１）と（２）については、(事業の）廃止５名、事業の実施は各自治体／民間の判断に任せる３名、当該法人が実施し、事業規模は縮減４名。（３）については、廃止が９名、事業の実施は各自治体／民間の判断に任せる１名、当該法人が実施し、事業規模は縮減２名。（４）については、民間の判断に任せる２名、当該法人が実施し、事業規模は ア．縮減６名、イ．現状維持４名、という内容であった。
このうち（４）証券化支援事業についての事務局発表の「とりまとめコメント」は、以下の通りである。
ー将来的には民間でも出来るものではないか、ということは巷間言われているところだが、一方で、今回、証券化支援業務そのものについての否定的な意見と言うのはあまりなかったと思うので、これはやっていただく必要がある。
一方で、多くの方に指摘をいただいたのが不要資産の国庫返納、これは、フラット３５は活用されていないとか、あまり必要がないという議論ではなく、必要であるものの、出資金額が若干過剰に積まれているのではないかという問題意識による指摘だと思う。
事業規模の縮減や現状維持ということについては、書き方の部分もあるが、フラット３５そのものを減らすというよりも、おそらく積まれている部分について国庫に返納していただく、出資金額を減らして頂くということであろうかと思う。
従って、このＷＧとしては、不要資産について国庫に返納していただく、ということを結論とする。