アメリカ、インド、日本。ヒーローズ 遠く離れたまったく別の土地で、ある現象が起こり始める。人々に突如として、空中飛行、肉体再生、未来予知、時空操作など特殊な能力が備わりはじめたのだ。自分の能力に使命を感じる者もいれば、能力を恐れひた隠しにする者、自分の能力を悪用する者が現れる。そして、相手の能力を奪う殺人鬼「サイラー」、2008年11月8日に起こるニューヨークの半分が吹き飛ぶ核爆発。ヒーローズ DVDそれらを阻止しようと、全く繋がりの無かった彼らが集い始める。
そして新たなる脅威が現れる。彼らの活躍により、見事サイラーは倒されニューヨークの核爆発は防げた。あれから4か月後、平穏な生活に戻る者もいたが、ピーターは行方不明となり、ヒロは遙か過去1671年の京都に飛ばされてしまった。能力者のみがかかるウイルス、ヒーローズ DVD BOX人の心に侵入する通称「ナイトメア・マン」、そして「組織」の設立メンバーが何者かに狙われ、不穏な動きが見え始める。
記憶喪失で発見されたピーター、ケンセイの歴史を正そうとするヒロ、ベネットと共に「組織」を潰すことを画策するモヒンダー。再び彼らの運命が交錯する。
能力を取り戻し、真の怪物と化したサイラーの復活。アメリカドラマ ヒーローズ DVD人類を滅亡の危機から救った能力者達。ウイルスによる世界の崩壊を止め、ネイサンはついに能力者達の真実を公表しようとする。だがそれは、これから始まる本当の脅威の序章に過ぎなかった。レベル5の凶悪な能力者達は脱獄し、ニューヨークは混乱する。世界は再び恐怖に包まれ、過酷な運命が能力者達に待ち受ける。能力を自由に与えられる薬品を開発したモヒンダー、父アーサーに能力を奪われただの人となってしまったピーター、能力を正義の為に利用しようと奔走するクレア、人としての感情を取り戻したサイラー、アメリカドラマ ヒーローズ DVD BOXそして薬品の完成を止める為に再び戦いを決意したヒロとアンドウ、マット達能力者。
能力者の氾濫により荒廃した未来を変える為、彼らは戦う事になる。