安全なウェブサイトの作り方

IPAの資料は充実してます。

以下の脆弱性などが、分かりやすくまとめられています。

SQLインジェクション

OSコマンド・インジェクション

クロスサイト・スクリプティング

CSRF（クロスサイト・リクエスト・フォージェリ）

http://www.ipa.go.jp/security/vuln/websecurity.html