※この記事にはゲーム終盤までのネタバレを含む可能性があります
主人公に殺されることで自分の定められた運命から抜け出すことができたダグザは、どこかスッキリした様子で力尽きます。
最深部で待ち構えていたクリシュナは彼の《神殺し》フリンと合体して、ヴィシュヌフリンに。このヴィシュヌフリンのビジュアルめちゃくちゃ好きですね。
マツダ博士、あんまりドヤれるようなキャラではなかったけど…
宇宙の卵の最深部へ向かう途中、ダグザが主人公に選択を迫ります。『宇宙の卵を破壊し、この宇宙で人間として生きる』か、『宇宙の卵を利用し、新しい宇宙で神となる』か。そう、ダグザの目的は神殺しとなった主人公に新宇宙を創造させた上で、自らはダグザという神格から解き放たれ、本来の自分の在り方である世界の一事象に戻ることだったのです（よくわからん）。
ここが最後のルート分岐です。長かったー。
もちろん今回は絆ルートに進むことが既定なので、主人公は前者を選び、これまで共に在ったダグザと敵対することに。
今や敵となったダグザは主人公に与えていた力を取り上げてしまい、もともと死ぬところをダグザの力で長らえていた身の主人公は瀕死の状態に陥ってしまうものの、イナンナを取り込んで大地母神となったダヌーが新たなダグザを産み直すことで主人公は再び（新しい）ダグザの加護を得て（旧き）ダグザを討ち果たします。
つまるところ彼の望みは「敷かれたレールの上を走り続けるだけの自分の運命が嫌」というもので。そのために世界を滅ぼそうとか、結構な自己中では…？
まだ「人々を救済する」と謳うクリシュナたち多神連合の方が（その方法は甚だ迷惑なものの）神様らしい気がしました。
ただ、『手が付けられない反抗期のダグザを見捨て、聞き分けのいい新しいダグザを産み直す』というダヌーの選択は本当にそれでいいのか？という疑念が拭えず…。
他者を許容すると言いつつも結局どうあっても分かり合えない相手は排除するしかないのかと。
絆ルート、結構エグいですね。
（新しい）ダグザの力によって宇宙の卵に閉じ込められていたシェーシャに喰われた人々の魂は解放され、アサヒも復活します。
アサヒを囲んで仲間たちがワイワイしている中、一人まったく絡んでこないトキが気になりました。やっぱりイナンナ戦で吐露したアサヒへの嫉妬は消えていないんでしょうか。絆とは…。
ともあれ、仲間たちはクリシュナとの最終決戦に向かいます。
ヴィシュヌフリンは主人公たちに敗北し、クリシュナは解放されたフリンによってトドメを刺されました。
そして主人公は宇宙の卵を破壊。
フリンと共に銀座へ戻り、マサカドに天蓋を取り除いてもらおうとしますが、マサカドは「天蓋があっても東のミカド国と東京の民は共存できるはず」と告げて空に還ってしまいました。
…………えっ？
なんだか皆よかったねムードを醸し出しているけど、天蓋がそのままということは東京は日が射さないままということで。それで本当にいいのか？東京から東のミカド国への移住希望者が殺到するのでは？？
悶々としたまま数日が過ぎたある日、夢の中にスティーブンが現れます。
スティーブンは「人間が真の自由を得るためには創造主YHVHを倒すしかない」と告げ、主人公は同じ夢を見て集まった仲間たちと共に真のラスボスに挑むことに。
ちなみにマツダ博士としての記録や人々の記憶は抹消されている模様。
復興に向けて明るいムードが漂う東京や東のミカド国の様子をあちこち見ながら銀座へ。
銀座の大岩の前では同じく夢を見たフリンが待っており、共に往くことになります。大勢のハンターたちも応援に駆けつけてくれました。…皆殺しルートで「裏切り者！」と罵られ、襲いかかってくるハンターたちを屠ったことを思うと、みんなの温かさに涙が出そう。
そしてスティーブンによりYHVHの宇宙へ続く道が開かれました。
しかし魔人討伐やらDLCクエストやら全書埋めとか、東京でやり残したことがあるのでラスダンはしばらくお預けです。