本項では、東京駅 - 神戸駅間で運行されていた「鷗」および、長崎本線で運転されていた優等列車の沿革についても記述する。
3月11日：ダイヤ改正により、「かもめ」は長崎駅発着24往復、肥前山口駅発着（101・102号）1往復、佐賀駅発着（103・104号）1往復の計26往復となる。また、同日デビューの885系が長崎駅発着の単独運転の列車16往復（48号を除く）および103・104号に充当され、「白いかもめ」と案内されるようになった。「みどり」併結列車および48・101・102号は783系とし、485系は「かもめ」から撤退した。2001年（平成13年）3月3日：「かもめ101・102号」を787系（「有明」用4両編成）での運行とする。787系は5年ぶりに運用復帰。10月6日：「かもめ101・102号」を783系（「ハウステンボス」用4両編成）での運行とする。787系は再び撤退。2002年（平成14年）101・104号は佐世保駅発着に変更の上で「みどり」に編入。号数は変更なしで885系を充当。なお、この列車は翌年3月15日に全区間定期列車化し、車両も783系に変更となる。102号は肥前鹿島駅始発に変更。103号は使用車両を783系「ハウステンボス」編成に変更。
3月：「かもめ102・103号」が使用車両を885系に変更し、102号は全区間定期列車化。103・106号は号数を101・104号に変更。2004年（平成16年）3月13日：平日のみ諫早駅→長崎駅間に「かもめ」下り1本（201号）を増発。この列車は運行距離が24.9kmで、博多南線の特急列車を除いたJRグループが運行する定期特急列車の中で最も運行距離が短い列車だった。2005年（平成17年）3月1日：ダイヤ改正により以下のように変更する。同日廃止された寝台特急「さくら」の九州内区間が「かもめ」に編入され、博多駅 - 長崎駅間の列車を25往復に増発。門司港駅乗り入れは終了。区間運転の列車を除き、単独運転の列車（16往復）は885系、「みどり」を連結する列車（9往復）は783系での運転に統一された。平日のみ長崎駅→諫早駅間に「かもめ」上り1本増発（202号・783系）。7月11日：長崎本線市布駅 - 肥前古賀駅間で「かもめ3号」の窓ガラスが破損し、乗客6人が負傷。この事故を受けて、783系電車のエンブレムおよびルーバー塞ぎ板は同日中に全て撤去された。のちに塞ぎ板のみ再取付、エンブレムはステッカーになった。2006年（平成18年）9月：この頃から、783系で運行する「かもめ」は1両増結した5両編成での運行が常態化する。11月1日：佐賀駅→博多駅間の「かもめ」を上り1本増発（100号）。
2007年（平成19年）3月18日：ダイヤ改正により以下のように変更。佐賀駅発着「かもめ」を783系2往復（101・103・106・108号）、885系1往復（100・105号）の計3往復に増発。全列車全車禁煙化。7月1日：運転開始70周年を記念し、大分車両センターの485系を使用した特急「かもめ70周年記念号」（団体専用列車扱い）を博多駅 - 長崎駅間で運転。鳥栖駅・佐賀駅・肥前山口駅・肥前鹿島駅・多良駅（往路のみ）・湯江駅（復路のみ）・諫早駅・浦上駅に停車。長崎駅 - 諫早駅間でも臨時団体列車として運行された。
