概要（映画）
前作『あぶない刑事リターンズ』以来2年振りとなる劇場版第5作である。『TVスペシャル'98』に端を発する一連の事件の決着を描き、シリーズ史上においてもスペクタクル性が顕著な作品となった。一方、高視聴率を記録したTVスペシャルとは対照的に劇場版の興行成績は伸び悩む結果となり、シリーズは再び7年の休止期間に入った。
ストーリー（映画）
警察病院を脱走した城島を追い詰めるも、寸でのところで取り逃がしてしまった鷹山と大下。一方、鷹山たちの再三に渡る無軌道な行動に業を煮やした県警本部は遂に二人の辞職命令を下そうとしていたが、深町は秘密裏に本部長に掛け合い、辞職を阻止するべく奔走していた。
そうとは知らぬ二人が馴染みのバー「ポールスター」で一息ついている中、押収した銃器を輸送中の警察車両が城島一味によって襲撃されているという情報が入る。鷹山と大下の活躍で銃器の奪回は辛くも阻止されたが、死亡した一味の一人の手掛かりにより、襲撃事件の直前にポールスターに立ち寄っていた伊達と名乗る男が黒幕として絡んでいる疑いが浮上。ポールスターの経営者・津山はかつて中東を拠点に活動していた名うての傭兵であり、伊達はその部下であったが、野心に駆られた伊達は国際的テロ集団・NETへ自ら身を落とし、今や最高幹部の一人として世界中で破壊活動を行っていた。NETは最終計画“熱い嵐作戦（オペレーション・ヒートストーム）”の拠点として横浜を選び、伊達は津山を仲間に引き込むべく、執拗に接触を図っていたのだった。鷹山がその真相を津山から聞き出していた最中、一味の襲撃によって津山は死亡。津山は今際に、自らが愛した横浜の未来を鷹山たちに託した。
鷹山に津山殺害の嫌疑がかけられる中、城島が市内の安ホテルに潜伏していた鷹山に襲撃を仕掛けるも、間一髪のところで駆け付けた大下の援護もあり失敗。城島は度重なるミスの責任を被り自爆を遂げ、さらにはポールスターのウェイトレス・恵美が人質として拉致されてしまう。伊達の配下が鷹山たちの踏み込んだ恵美のマンションをロケットランチャーで爆破した直後、2人を始末したと報告を受けた伊達は横浜港沖に停泊中の巨大タンカーを占拠。タンカーを爆破して横浜市を壊滅させる作戦を実行に移すと横浜市を脅迫し、横浜市の新庁舎建設費として密かに準備されていた100億円を要求、横浜市はその条件を呑む。港署で現金運搬の準備が進む最中、町田の伝手で武器を調達していた鷹山と大下が現れ、現金を積んだバンを強奪して逃走する。その裏で伊達と電話で90億円で恵美を引き渡す契約を交わし、二人は取引現場へ向かう。
