Info.plist にて UIInterfaceOrientation の Value を UIInterfaceOrientationLandscapeRight にしている場合の話
上記の設定はデバイスを横で使いますという設定
この設定をしているときに、縦使いのナビゲーションバーを使うとOS3.0で動作させるとなぜかバーの高さが狭くなる

これが通常

推測だがステイタスバーの高さ分狭くなっているような気がする
理由が不明なので取り急ぎ、UIInterfaceOrientation をnil にして回避しよう