あらすじは公式サイトより引用。
＜あらすじ＞
記憶を辿り、“パンドラの箱”の在処を教える事をアヤナミに迫られるテイト。それが出来なければ教会の人々が殺されてしまう！その頃、フラウたちは教会を護るため、ブラックホークと対峙していた。果たして、それぞれの戦いの行方は！？テイトたちの物語はついにクライマックスを迎える―。
＜感想＞
アヤナミはテイトに「大人しく私の檻の中に入るのならば、戻してやらなくもない。あの時、少年の命と引き換えに目覚めたこの瞳を・・・」といい、ミカエルの瞳を見せる。だが、テイトはバクルスを構え、「消えろ―！！」と叫び、ザイフォンを放つ。アヤナミの攻撃を受け、落下するテイトの耳に「大丈夫だ、テイト。」とミカゲの声が聞こえる。テイトは「アヤナミ、愚かなのはお前の方だ。たとえ、俺を檻の中に閉じ込めたとしてもお前は何も変わらない！何も報われない！」といい、アヤナミに攻撃する。するとミカエルの瞳が反応、そしてテイトのバクルスからまぶしい光が出て、「世界の中心」と呼ばれる空間を破壊。さらにテイトは再度バクルスから光を放ち、ハクレン以外の全員をセブンゴーストの像が並ぶ異空間へ。そこでアヤナミ達ブラックホークとの戦いが始まるが、アヤナミ達が撤退したため、勝負はつかなかった。戦いが終わり、出口の扉を出たテイトはフラウ、カストルさん、ラブラドールと再会。フラウから「合格だ。テイト＝クライン。」と言われる。試験に合格したら、司教見習いとして先輩に同行する決まりになっていた。テイトはそれに紛れて第７区を脱出する。テイトはランセさんから司教のフリーパスを貰い、フラウの司教見習いに。テイトはフラウと共に教皇が万一の時に教会から脱出する際に使う「隠匿の通路」から脱出する。通路を出て外に。テイトはフラウに「何が悪で何が正義なのか、自分の心で決めようと思う。」と告げる。フラウはテイトに「では汝に問う。その証を述べよ。」と。テイトはフラウの腰に両手を回し、「俺は、失ってなかりじゃなかった・・・。」と答える。