あらすじは公式サイトより引用。
＜あらすじ＞
フラウが待つ二次試験の出口になぜかテイトの姿はなかった。あろうことか、試験を乗り切ったテイトのもとに再びアヤナミが現れ、テイトを異空間へと連れ去ったのだった。テイトはミカエルの瞳の力に頼ることなく、自らの意志でアヤナミを倒すことを決意する。その頃、教会には帝国軍が侵攻し、フラウとハクレンはクロユリと対峙する。そして、カストルとラブラドールは教会内に潜んでいるスパイを追い詰める。
＜感想＞
２次試験を終えたテイトの前にアヤナミが現れる。同じ頃、教会には武装した帝国軍が続々と入ってくる。アヤナミは「この記念すべき時に邪魔が入るのはおしい。２人だけで行こうではないか、世界の終焉へ。」といい、ザイフォンを放ち、世界の中心へ移動する。テイトはバクルスでザイフォンを放ち、アヤナミを攻撃するも、ザイフォンで防がれる。アヤナミはテイトに「果たしてお前が私の所有物としてふさわしかを見定める。」と。一方、テイトを待つフラウの元にハクレンが来て、教会に帝国軍が侵攻していることを知らせに来る。その２人の前にクロユリが姿を現す。廊下を歩くカツラギさんの前にはランセさんが立ちはだかる。アヤナミはテイトに「お前に託したはずだ。パンドラの箱の在処を。思い出せぬのなら、その記憶をねじ開けるまでだ。」といい、テイトの記憶を探ろうとするも、クロイツの「何人たりとも、その記憶に触れることを禁ず。」という言葉が響く。アヤナミは「やはり、貴様が記憶を封じていたか、契魂（フェアトラーク）。」と。その直後、アヤナミは吹き飛ばされ、右腕を失うも、すぐに再生。テイトは「パンドラの箱を手に入れてどうするつもりだ。」とアヤナミにいうも、「答えの必要などない。」その頃、カストルさんとラブラドールは教会にいた内通者を捕らえ、新しい人生を送らせようとするも何者かによって内通者は殺される。カストルさん達の前にはヒュウガとコナツが現れる。２人の目的はカストルさん達の足どめ。世界の中心でアヤナミと戦うテイトの戦いも激しさを増す。アヤナミはテイトに「お前の記憶の中にあるパンドラの箱を探せ。それができなくば、人質に捕っているこの教会の人間が死に耐えるまでだ。好きな方を選べ。」と告げる。次回、第２５話＜最終回＞「真実は幾重にも連なる心の彼方に・・・」。