あらすじは公式サイトより引用。
＜あらすじ＞
２０３９年１２月２５日。今ある世界は終わり、新たな世界が始まる。ガイから全世界に向かって宣告される淘汰の時、“四度目の黙示録”。供奉院家の後ろ盾を受け、戦いの準備が進められる中、シュウの父、桜満クロスの日記が届けられる。そこには、実ることなく交錯していった一つの友情と共に、始まりの物語が綴られていた。力を手放そうとするシュウに託される命―。友と辿り着いた真意を武器に変え、シュウは運命の相手に臨む。
＜感想＞
茎道さんはガイに集がボイドゲノムを獲得し、王の力を回復、さらに自分のヴォイドを出現させたことを告げるとガイは「分かっている。」と答える。一方、供奉院家所有の船に乗る集達の元にガイが世界に向けて発信したメッセージが届く。内容は「俺はお前達一人一人の価値をこの世界に問うことにした、１２月２５日、今ある世界は終わり、新たな世界が始まるだろう。」というもの。倉知さんは葬儀社メンバーに協力を依頼、さらに集にも。そこに四分儀さんが現れ、集に父親である黒周の日記を渡す。回想が始まる。
Ａ．Ｄ．２０１３年。天王洲大学の院生だった茎道さんは桜満黒周に出会う。この出会いにより、茎道さんは自分以外で自分と同じ地平に立って論じ、競い合える人間がいることを知った。Ａ．Ｄ．２０１７年。茎道さんのイントロンラム仮説を土台に黒周さんが構築したゲノム共鳴理論が進化と淘汰の謎を解き明かす鍵として全世界から注目を浴びる。茎道さんが黒周さんの論文が載った雑誌を手に研究室に行くと女性といる黒周さんの姿が。相手の女性は医学部の才媛と言われる人。既にお腹には子供が。その後、２人は結婚し、女性の実家がある大島で暮らす。Ａ．Ｄ．２０２２。隕石が見つかる。その隕石にはアミノ酸が付着し、ゲノム共鳴反応もあった。この隕石を見つけたのは真名。Ａ．Ｄ．２０２３。隕石がウィルスであることが判明。黒周さんと茎道さんの前にダアトの使者・ユウが現れる。ユウは黒周にアポカリプスウィルスに感染している奥さんのお腹の中にいる子供をイヴ（真名）がアダムにしようとしているので殺してはいけないと告げる。そして集が生まれる、母親の命と引き換えに。Ａ．Ｄ．２０２８年。黒周さんは研究室で茎道さんの妹・春夏さんと出会う。その後、春夏さんは黒周さんと結婚することを決める。Ａ．Ｄ．２０２９年１２月２４日。ロストクリスマスが起き、同時に黒周さんが茎道さんに殺される。そして、現在。甲板に出た集は谷尋達にヴォイドを返そうとするも、谷尋に止められ、最終的に集が持っていることに。ヘリに乗り、飛び立つ集達。義母である春夏はヘリの中で集の方を見ながら、「黒周さんは何でも一人でやれてしまう人だった。そのせいでいつも孤独だったわ。でも、本当はとっても寂しくて、みんなと一緒にいたくて・・・。だから、あなたに集と名付けたのよ。」と。次回、第２２話「羽化：emergence」。