あらすじは公式サイトより引用。
＜あらすじ＞
巨大なゲヘナゲートと化した魔神は、次元の裂け目を広げて物質界を飲み込もうとする。燐と雪男は合流したシュラ、エンジェルとともにゲートに立ち向かうが、圧倒的な強さを前に苦戦を続ける。一方で学園の祓魔師たちも、無数の悪魔に追い詰められつつあった。そんな中、勝呂が起死回生の策を発案！果たしてその成果は・・・そして燐と雪男は最後の気力を振り絞ってゲートに立ち向かう。愛する仲間と世界を守るために！！
＜感想＞
メフィストは巨大化したゲヘナゲートを見ながら、ある男との賭けを思い出す。メフィストはその男性に「あなたは永遠という時の流れの中でこの世のあらゆる快楽と悲哀を味わいつくすのです。ただし、あなたがもう、けっこうと願ったその時には、私はあなたの魂をいただきます。よろしいですかな？」と告げた。そして、現在。燐と雪男はゲヘナゲートから出てくる悪魔を倒していたが、数が多い。さらにゲヘナゲートからも攻撃がくる。そこにシュラとアーサが現れ、４人でゲートを突破しようとするが、失敗する。その頃、学園では勝呂達がしえみのことを探していたが、見つからなかった。そこに割れた壁の隙間から悪魔が侵入してくる。燐は雪男に「ガキの頃みたいに、たまには俺を頼れよ。」という。ゲヘナゲートは街へと向かっていた。するとクロが現れ、背中に燐と雪男を乗せ、街へ。一方、悪魔と戦っていた勝呂達。子猫丸が先生に言った「あの、先生。日本支部はヴァチカン本部と繋がってますよね？日本とヴァチカンの時差は七時間です。」との言葉を聞いて、勝呂は鏡を使って太陽を作り、日本支部にヴァチカンの太陽の光を入れる作戦を思い付く。そして、同じころ、燐と雪男もゲヘナゲートを破壊するため、門に近づくも悪魔の数が多すぎて、斬っても斬ってもきりがない状態。するとその時、勝呂達が作った太陽の光のおかげで悪魔達が門から離れた。その隙をついて燐と雪男は２人で降魔剣を持つ。すると青い炎が出て巨大な鳥の形を作り、燐と雪男はその炎を纏い、ゲヘナゲートへ向かう。２人はゲヘナゲートに剣を突き刺し、「（燐）お前の夢なんて知らねぇ。（雪男）ただ、僕達は、（燐）大切な仲間を、（雪男）この世界を、（２人）守りたいだけだー！！」と叫び、ゲヘナゲートを破壊する。街には青い光が降り注ぐ。全ての戦いが終わり、燐と雪男は勝呂達の待つ、学校へ。メフィストは破壊された学園を見て数百年前に賭けをした男性が最期に言った「時よ止まれ、汝はあまりにも美しい。」という言葉を叫び、「あの時のあなたの気持ち、今、やっとわかったような気がします。」という。それから１ヶ月が過ぎ、メフィストは学園に復帰。雪男は聖騎士の称号を剥奪され、中一級に格下げに。燐と雪男は母・ユリのお墓へ。雪男は燐に「兄さん。獏達は本当に、この世に生まれてきてよかったんだろうか。僕達がいなければ父さんや母さんが命を落とすこともなかったし、周りの人達を傷つけることもなかった。」と。燐は「馬鹿か、お前。じじいや母さんが一生懸命、頑張ってくれたかた、俺達は生まれることができたんじゃねぇか。みんなから貰った大切な命だろ。」と告げる。その後、ゴーストライダー討伐現場にクロに乗った燐が現れ、雪男に「俺があいつの気を引きつける。その間にお前は奴の弱点を探れ。いくぞ！」といって、降魔剣を持って悪魔の元へ向かう―。そして、青の祓魔師、映画化決定！！