あらすじは公式サイトより引用。
＜あらすじ＞
いつもと変わらぬミラクル☆トレイン車内。次のお客様が乗ってくるまでの間、知らないうちにうたた寝をしてしまった六本木は、不思議な夢を見る。以前辿り着いた謎の駅にいる自分・・・。意味ありげな夢に、思案する六本木だったが、再びミラクル☆トレインが暴走を初めてしまう。暴走はすぐに収まったものの、原因はわからないままで、不安を隠せない駅たち。そんな彼らの前に、車掌がミラクル☆トレインの「運休」を告げに現れて・・・。
＜感想＞
建設中の謎の駅に自分がいる夢を見て起きた六本木はそこで初めて自分が寝ていたことに気づくのだった。その時、ミラクル☆トレインが再び暴走状態に。だが、今回はすぐに暴走は収まった。六本木が皆の元へ行き、しばらくすると車掌が現れ、ミラクル☆トレインの運休を告げるのだった。そして今回の暴走の原因はガイドであるあかりにあるというのだった。実はあかりはミラクル☆トレインのガイドではなく、元々は乗客だったが、何らかの原因により、記憶喪失になってしまったため、車掌が特例でガイドにしたというものだった。けれど、肝心のあかりは自分の抱えていた悩みを思い出せないでいたため、六本木と共に乗車してきた六本木駅周辺を歩くことに、だが、あかりは極度の方向音痴なため、思い出した場所に行こうとしても全然別の場所に辿り着いてしまい・・・。落ち込むあかりを励ました六本木は再び駅周辺を歩くことに。駅の近くに建つオフィスビルを見た途端、あかりが「あたし、あのビルで働いているんですよ。」という言葉に驚く六本木だったが直後にあかりが頭が痛くなり、しゃがみこんでしまう。すると、あかりの身体が大きくなり、成人女性の身体になり、そのまま、ミラクル☆トレインへ戻り、その姿を見た、汐留、月島、両国はあかりの姿を見て驚くのだった―。次回、第１３話＜最終回＞「聖夜の軌跡」。