会社では自席で注射を打っています。
会社に復帰して、最初に総務にお願いしたのは、ビルの医務室で昼食時に注射を打たせてもらえないか?でした。
ビルの医務室はうちの会社の設備ではなくて、他の系列会社のものなのですが、気分が悪くなったときに休む位の利用はOKとのことだったので
注射を打つ1分ちょっとくらいなら許可してもらえるんじゃないかと期待したのですが、総務からはNGの回答。
緊急時ならよいが、常用されるのは困るとの事。
会社の言い分も理解できなくはないけれど、トイレで打つのも気分的にあまり好きではないので、自席で打つことになりました。
(周囲に人が多くいる場合はトイレに行きます)
チュニックや長めのシャツを着ることが多いので、お昼休みの人が少ない時間にペロンとめくってささっと注射。。
最近席替えをして、隣の席の人が昼食に出る時間を微妙にずらすため、食事の直前に打てず
サラダをほぼ食べ終わり隣人が席を離れた際に慌てて注射する日々となってしまいました(^^;

外食時、ごく親しい人相手で、座席位置が良い(壁と自分の体、テーブルで注射するために露出した肌が他人から見えない配置)場合も
席で「ちょっとだけごめんね」と相手に了承をもらってから注射します。

トイレで打つのがあまり好きではないのは、個人的な衛生観念の問題かなーと思います。
私の場合は、トイレ=排泄する場所なので、その場で歯を磨くのは無理、なので注射も同様にできる限り打ちたくはありません。
なんとなく、排泄する場所の空気中には不穏な菌やらいろいろなものが飛んでそうな気がしてしまって(^^;
PCのキーボードよりもトイレの便座のほうが菌が少ないらしいので、こればかりは個人的な気分の問題かと思います。
2chでも人前で注射を打つ打たないが度々議論になってますが、私的には、一緒にいる人・周囲の状況による。でいいんじゃないかなーと。。。