内戦によって20年にわたり約100万人強の難民と数百万の国内避難民が発生し、約200万人が飢餓や戦闘の犠牲となった。また2004年にはスーダン西部のダルフールで民兵に約7万人を虐殺させ、2万人以上の難民を発生させた。
このことから、毎年行われている『ワシントン・ポスト』の付録誌『パレード』の「世界最悪の独裁者ランキング」という特集記事で、2005年 - 2007年度にかけて3年連続の第一位に選ばれた。2008年度は一位の座を北朝鮮の金正日に奪われたものの、第二位となっている。
2009年2月、オランダ・ハーグにある国際刑事裁判所 (ICC) はバシールを、ダルフールにおける人道に対する罪、ジェノサイド罪で起訴すると発表。同3月4日、逮捕状を発行した。 国際刑事裁判所が現職の国家元首を起訴するのは初めてのこととなる。
バシールは国際刑事裁判所に起訴されているが第2回南米・アラブ諸国首脳会議に出席しており、アラブ連盟とアフリカ連合は常任理事国の中国とロシアの後押しを受けて、米英仏などに国際刑事裁判所によるバシール大統領の逮捕決定を保留する権利を行使するよう訴えた。これによりバシールを逮捕できる可能性は低い。