日本学生野球協会は２５日、審査室会議を開いて高校４５件と大学２件の処分を決め、高校では部内暴力で部員８人が書類送検された東北（宮城）を、９月１４日から６カ月の対外試合禁止とした。
対外試合禁止は高校の計１４校で、部員の窃盗や万引などがあった東海学園（愛知）は１０月２４日から１年間で、来夏と２０１０年春の甲子園大会の出場を目指すことが不可能になった。
高校の指導者では部内暴力があったＰＬ学園（大阪）の監督（当時）は８月１８日から、智弁和歌山（和歌山）の監督（当時）は９月９日からそれぞれ３カ月の謹慎処分となった。
対外試合禁止処分は次の通り
▼峰山（京都）８月２８日―１１月２７日＝部員の部内いじめ▼東山（京都）９月５日―１０月４日＝部員の部内いじめ▼沖縄水産（沖縄）９月９日―１２月８日＝部員の部内いじめ▼豊田大谷（愛知）９月５日―１２月４日＝部員の部内いじめ・暴力▼綾部（京都）９月１日―１１月３０日＝部員の部内いじめ・暴力▼六郷（秋田）９月２６日―１２月２５日＝部員の部内暴力▼松戸秋山（千葉）９月１０日―１０月９日＝部員の万引▼村野工・軟式（兵庫）９月１０日―１０月９日＝軟式部員の強盗傷害▼東北（宮城）９月１４日―２００９年３月１３日＝部員の部内暴力▼東洋大牛久（茨城）１０月１７日―０９年１月１６日＝部員の部内暴力・いじめ、喫煙▼杜若（愛知）９月１５日―１２月１４日＝部員の部内暴力・いじめ▼浦和実（埼玉）１０月２４日―０９年１月２３日＝部員の喫煙・飲酒▼東海学園（愛知）１０月２４日―０９年１０月２３日＝部員の自転車窃盗・万引・窃盗・喫煙・賭けトランプ▼高島（東京）１０月３１日―１１月３０日＝部員の賭けトランプ