日本学生野球協会は２５日、審査室会議を開いて高校４５件と大学２件の処分を決め、高校では部内暴力で部員８人が書類送検された東北（宮城）を、９月１４日から６か月の対外試合禁止とした。
対外試合禁止は高校の計１４校で、部員の窃盗や万引などがあった東海学園（愛知）は１０月２４日から１年間で、来夏と２０１０年春の甲子園大会の出場を目指すことが不可能になった。
高校の指導者では部内暴力があったＰＬ学園（大阪）の監督（当時）は８月１８日から、智弁和歌山（和歌山）の監督（当時）は９月９日からそれぞれ３か月の謹慎処分となった。