税理士のヒラリーです。
居住用財産の譲渡所得の特別控除と住宅ローン減税の重複適用の制限
(1) 重複適用の制限
個人が、居住用財産を譲渡した場合には、一定の要件を満たす場合、その居住用財産に係る譲渡所得から3,000万円の特別控除を受けることができます（措法35条①）。
ただし、住宅ローン減税との重複適用については一定の制限が設けられていますので、注意する必要があります。
(2)住宅ローン減税の適用要件(3,000万円控除との関係)
ア 居住の用に供した日の属する年以前3年分について、3,000万円控除の適用を受けられない (措置法41条⑮)。
たとえば、同一年中に、従前住んでいた住宅の売却をして新たに住宅を購入する場合において、従前住んでいた住宅の売却につき3,000万円の特別控除の適用を受けた場合には、新たに購入した住宅については、住宅ローン控除の適用はできません。
この場合、居住の用に供した年分だけではなく、控除可能期間の全期間にわたって住宅ローン減税を受けることができませんので、注意する必要があります。
イ 居住の用に供した日の属する年の翌年又は翌々年に住宅ローン減税の適用を受けた住宅以外の居住用財産につき3,000万円控除の適用を受けられない(措置法41条⑯)
では、たとえば、新たに住宅を購入して住宅ローン減税の適用を受けた翌年又は翌々年に、従前住んでいた住宅を売却した場合はどうでしょうか。この場合において、売却した住宅について3,000万円の特別控除の適用を受けたときは、住宅ローン減税を受けることができなくなります。
この場合も、居住の用に供した年分だけではなく、控除可能期間の全期間にわたって控除を受けることができなくなります。この場合、前年又は前々年の申告について、住宅ローン減税を受けないものとして税額を計算しなおして、修正申告書を提出することが義務付けられています(措法41の3)。
以上みたように、住宅ローン減税と譲渡所得の3,000万円の特別控除の重複適用はできません。
≪参考条文≫
措置法41条15項
第一項の規定は、居住者が、同項の居住用家屋若しくは既存住宅若しくは増改築等をした家屋の当該増改築等に係る部分又は第十項の認定住宅をその居住の用に供した日の属する年分の所得税について第三十一条の三、第三十五条、第三十六条の二、第三十六条の五若しくは第三十七条の五の規定の適用を受ける場合又はその居住の用に供した日の属する年の前年分若しくは前々年分の所得税についてこれらの規定の適用を受けている場合には、当該居住者の第一項に規定する十年間の各年分の所得税については、適用しない。
措置法41条16項
第一項の居住用家屋若しくは既存住宅若しくは増改築等をした家屋の当該増改築等に係る部分又は第十項の認定住宅をその居住の用に供した居住者が、当該居住の用に供した日の属する年の翌年又は翌々年中に当該居住の用に供した当該居住用家屋及び既存住宅並びに当該増改築等をした家屋並びに当該居住の用に供した当該認定住宅並びにこれらの家屋の敷地の用に供されている土地（当該土地の上に存する権利を含む。）以外の資産（第三十一条の三第二項に規定する居住用財産、第三十五条第一項に規定する資産又は第三十六条の二第一項に規定する譲渡資産に該当するものに限る。）の譲渡をした場合において、その者が当該譲渡につき第三十一条の三、第三十五条、第三十六条の二、第三十六条の五又は第三十七条の五の規定の適用を受けるときは、当該居住者の第一項に規定する十年間の各年分の所得税については、同項の規定は、適用しない。
第四十一条第十六項に規定する資産の譲渡をした居住者で同項の規定に該当することとなつた者が当該譲渡をした日の属する年の前年分又は前々年分の所得税につき同条第一項又は前条第一項の規定の適用を受けている場合には、その者は、当該譲渡をした日の属する年分の所得税の確定申告期限までに、当該前年分又は前々年分の所得税についての修正申告書（同条第四項第二号又は所得税法第百二十一条
の規定により確定申告書を提出していない者にあつては、期限後申告書）を提出し、かつ、当該期限内にこれらの申告書の提出により納付すべき税額を納付しなければならない。