コンビニのコーヒーは平均したら1日1杯以上は必ず飲んでいます。もし上記リンクの内容のように原価率が5割だったらお値打ちです。
私はコーヒーだけ買って帰る嫌な客です（笑）。ついで買いでタバコを買って帰る客もたいがい嫌な客ですよね。
たまに店側が儲かることを嫌う人がいます。飲食店なんて一部の業態を除いて総じて利益率の高い仕事です。焼肉なんてホルモンや若鶏なんて牛肉と比べたら原価は安いです。食ってる場合じゃないです（笑）。
コンビニも出店退店を繰り返しています。退店する店でも必ず顧客はいます。退店するのは採算が合わないのが大きな理由です。でも退店して欲しくない人が必ず存在するはずです。コンビニ経営って本部の手のひらの上で生かさず殺さずで操られているようなものだと思います。仮にコーヒーが儲かるとしてもあまり一部のことだけを切り取ってどうこう言うのは意味がないことですよね。