私は残業代というものをもらったことはありません。まあ当然です、それが経営者でフリーランスそのものです。そんな私は労働時間と対価が連動する業務の方が少数だと思っています。労働者側の意見と一致しないのは仕方ないです。
会社経営者の方々は従業員が本当に能力をすべて使い切って全く無駄なく仕事してもその日の業務が残った残業代は仕方ないと思っていると思います。でも実際はまだ無駄が残っていると思うのでこういう制度が出来る理由だと思います。
残業代を払わないと労基に刺されます。これは事業所の規模にかかわらずの話です。きっと会社側には言い分があると思います。業種が一緒でも会社が違ったら状況は変わりますし労働者一人ひとりの能力や勤務態度も違います。それをすべて一律に労基が取り締まることに無理があると思います。
運用方法さえ間違えなければ有効なものになると思います。