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ココから本題
今回は分子モデリングをやってみよう、という少し理系寄りな内容です。
論文やパワポで見栄えを良くしたいときなどに活用していただければと思います。
導入編
インストールするソフトは
・Blender
・AVOGADRO
・Open Babel
の3つです
詳細は適宜調べてインストールしてください。
段取り
・Avogadroで簡易モデリング→データ出力
・Open Babelで変換
・Blenderでレンダリング
という感じです
Avogadroの作業
まずは開いた画面です。
とりあえずベンゼンでも作りましょうかね
まずは炭素を繋げて
隔辺を2重結合にして
このStartで最適化します
見慣れたベンゼンですね
これをmol形式で出力
(最終的にpdb形式にするのですが、この時点でpdbを選択したらどうなるかも見てみます)
Open Babelの作業
出力したmolファイルを開きます。
開いたら、pdb形式でconvertします。
特にチェックは不要だったはず…
Blenderでやること
アドオンをインストールします
デフォルトにあるので、「atom」で調べて下記
すると、インポートに
インポート時の設定はこんな感じ
左がOpen Babel経由、右が直出し
2重結合が表現されないのかな？
設定を変えないと結構不格好になりますのでイロイロお試しください。
まだこのままだとこんな感じなので綺麗にしていきます
ここから余分なファイルを削除していきます
検索でcupという末尾がつく下記のようなファイルは消します。
炭素結合の部位を選択→インスタンスの実体化を行います
Shiftを押しながらどれか一つをクリック、ctrl+jで統合します
頂点モードに入り頂点をaで全選択、m→距離でマージンを行い重複している頂点を削除します。
水素結合についてもどうようの作業を行います。
次は分子の処理です(言葉で紛らわしかったら申し訳ないです)
下の階層にある、ballを選択してメッシュに変換します
分子を選択してインスタンスの実体化
Shiftを押しながらどれか選択、ctrl+jで統合
頂点モード→a→m→距離でマージン
ポット出てくる余分なものは消します。
ここまでできたら
ここで非表示になっているものを消します
Shift+aで全展開しますので、それで見るなり、名前でCylinderというものが対象ですのでそれで絞るのも当然、手です。
これで単純にレンダリングをするとこんな感じです
適当にマテリアルをそれっぽくあてて
使い方は人それぞれですが、需要は少しはあるのでは？と思っています。
ココまで
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