内乱と家督相続
永正１６年（１５１９年）、今川氏親の三男して生まれる[注釈 2]。母は父の正室である中御門宣胤の娘（寿桂尼）。
ただし、義元は本来は側室の子で花倉の乱後に寿桂尼と養子縁組をしたとする説もある（後述）。
生まれた時は既に跡継ぎとして、同母兄の氏輝、及び彦五郎がいたために４歳で仏門に出され、駿河国富士郡瀬古善得寺の琴渓承舜に預けられた。享禄2年（１５２９年）に承舜が没したために、彼の弟子であった九英承菊（後の太原雪斎）がその役割を継承した。
その後、雪斎と共に建仁寺に入り常庵龍崇の元で得度し栴岳承芳（せんがくしょうほう）となった。さらに雪斎と共に妙心寺で大休宗休に学び学識を深めた。
その後、氏輝の命を受けて京都から駿河に戻るが、その直後の天文５年（１５３６年）に氏輝が急死する。
この時点ではまだ兄の彦五郎がいたために継承権はなかったが、彦五郎までもが氏輝と同日に死亡したために継承権が巡ってきた。
氏輝・彦五郎と同じ寿桂尼所生であることも後押しとなり、重臣たちから還俗を乞われた承芳は主君であり本流に当たる征夷大将軍・足利義晴から偏諱を賜り、義元と名乗った。
だが当主継承は有力家臣の福島（ふくしま）氏の反対で混迷化し、最終的に福島氏は自家の血を引く義元の異母兄・玄広恵探を当主として掲げて反旗を翻した（花倉の乱）。
恵探側は今川館に攻め寄せる等攻勢をみせたが太原雪斎・岡部親綱ら義元側の家臣団の奮戦の前に苦戦が続いた。
加えて義元が伊豆国（静岡県伊豆半島）・相模国（神奈川県西南部）を領する後北条氏からの支援を得ることに成功すると一層敗色は濃厚となり、花倉城の陥落を以って恵探は自害した。
内乱を鎮めて家督相続を果たした義元は今川氏当主となり、自らに忠義を示した家臣を重用して支配体制を整えた。
統治初期の事績
天文６年（１５３７年）２月、氏輝期まで抗争状態にあった甲斐国の守護・武田信虎の娘（定恵院）を正室に迎え、武田氏と同盟を結ぶ（甲駿同盟）。
周囲の守りを固めんとして行われた甲駿同盟の成立は、結果的に旧来の盟友（駿相同盟）として自らの当主継承にも助力した北条氏綱の怒りを買ってしまい、同年同月、北条軍は駿河国富士郡吉原に侵攻した（第一次河東一乱）。
花倉の乱による内部対立を引き摺ったまま家臣団の統制がとれなかった今川軍は、北条軍に対して適切な反撃が行えず河東（現在の静岡県東部）を奪われてしまう。
義元は武田の援軍と連帯して領土奪還を試みたが、花倉の乱で恵探側に組した堀越氏・井伊氏といった遠江に基盤を置く反義元派の武将らが義元から離反したため、家臣の反乱と北条氏の侵攻との挟撃状態に陥り、河東は北条氏に占領されたまま長期化の様相を見せた。
さらに追い討ちをかけるが如く、尾張国（愛知県西部）の織田信秀が天文9年（１５４０年）に三河国（愛知県東部）に侵攻を開始した。
義元は三河に援軍を送り三河の諸侯軍と連合して天文１１年（１５４２年）に織田軍との一大決戦に臨むが、その猛攻の前に敗れたとされている（第一次小豆坂の戦い。
ただしこの戦いは後世の創作である可能性もあり）。
天文１０年（１５４１年）、苦杯を嘗めさせられた北条氏綱が死去、北条氏は氏康が家督を継いだ。
『高白斎記』によれば、同年５月２５日に甲斐国の武田信虎は嫡男の武田晴信（信玄）を伴い、信濃国の諏訪頼重や村上義清とともに信濃佐久郡侵攻を行う（海野平の戦い）。
信虎は６月４日に甲斐へ帰国すると、６月１４日に義元訪問のため駿州往還を経て駿河へ出立するが、晴信により路地を封鎖されるクーデターが発生する。
義元は信虎の身柄を預かりつつ、家督を相続した晴信とも同盟関係を続け、高遠合戦では武田に援軍を派遣した。
苦しい状況が続く中、天文１４年（１５４５年）、義元は氏康と敵対する山内上杉憲政と同盟を結び、北条氏を挟み撃ちにする策を立てた（第二次河東一乱）。同年８月２２日、義元と憲政との同盟によって河東と関東方面に戦力が分断される形となった北条軍に対して、義元は武田の援軍を得て河東に侵攻し、同じく関東においては両上杉氏（上杉憲政・上杉朝定）が古河公方・足利晴氏らと連合し8万の大軍で河越城を包囲した。
河東では今川軍が北条軍を打ち破り、関東では上杉連合軍が河越城を包囲し続け、北条軍は西の今川軍と東の上杉連合軍との挟撃状態に陥り、窮地に立たされた。
進退窮まった氏康は武田晴信に仲介を頼み、義元との交渉で河東の地を今川家に返還するという条件で和睦、今川氏は北条氏との争いに実質的に勝利した。これにより一先ず西方に安堵を得た氏康は関東方面に戦力を集中させ、河越城の戦いにおいて苦境から一転、逆転勝利を収めた。
河東の地の遺恨を巡って両者の緊張関係は続いたが、北条氏が関東方面への侵攻に集中していったことで徐々に両者の緊張関係は和らいでいった。
一方、三河においては西三河の松平広忠の帰順を受け、嫡男・竹千代（後の徳川家康）を人質に迎え入れる約束を交わし、尾張の織田家の妨害を受けつつも、着実に三河勢の従属化に努めていった。
この際、護送を請け負った三河田原城（愛知県田原市）の国人領主・戸田康光が裏切って竹千代を敵方の織田氏に送り届けてしまうという事件が起こった。