『鳥海山史』によれば、修験は天台宗系の本山派と真言宗系の当山派に分かれて対立を深めていたため、江戸幕府は慶長１８年（１６１３年）に修験道法度を定めて統制を試みたが失敗したので、本山派と当山派のどちらかに属さねばならないとする統制を試みたと言う。さらに『出羽三山と修験道 戸川安章著作集Ⅰ』によれば、幕府は慶長１９年（１６１４年）に天台宗を宗教上の第１位とする宗教政策を敷いた。
『鳥海山史』では、修験道法度の制定に対応し、羽黒山では独立を保つため一山全てを天台宗としたに対し、鳥海山では、各登山口が系統を異にして発達した関係で、いまだ本山派と当山派に分かれたままだったと述べている。
さらに同書では、その状況を示すものとして、江戸時代に修験者同士の争いが矢島藩と庄内藩を巻き込んだ「嶺境論争」を例に挙げている。すなわち、「嶺境論争」は単なる山争いの問題ではなく、各々その系統や成立を異にした歴史的立場を主張したため、争いを激化させたと考察している。
明治元年（１８６８年）新政府は神仏分離令を発布、明治５年（１８７２年）には修験禁止令が出されたため、鳥海山から修験者の姿は消え、現在は全くみられなくなった。
『出羽三山と修験道 戸川安章著作集Ⅰ』では、鳥海修験の崩壊から１世紀以上が経ち、生き残りの修験者も姿を消して資料も散逸したため、鳥海修験の調査研究は困難を極めるとしている。
鳥海修験の拠点
吹浦口
現在地：山形県飽海郡遊佐町 社名：鳥海山大物忌神社 別当：神宮寺 入峯：順峯
出羽国府の北進に伴い、飽海郡に月山神と大物忌神が勧請され、やがて神宮寺が設置された。この神宮寺が吹浦口の創始と言われ、『飽海郡誌』によれば宗徒２５坊と社家３戸があったとされる。
蕨岡との「牛王印に関する論争」が起こった際に取り交わした明暦元年（１６５５年）の『取替手形』によれば、元は天台宗であったが、いつの頃からか真言宗となり、羽黒山が一山そろって天台宗に宗旨替えした際に慶安３年（１６５０年）天台宗に宗旨替えをしたのだと言う。
『出羽三山と修験道 戸川安章著作集Ⅰ』によれば、はっきりとはしないが吹浦は南北朝時代以後に羽黒山末寺となり、本寺に合わせて慶安３年（１６５０年）天台宗になったが、宝永年間に護持院の末寺になって真言宗に替わったのだと言う。また同書によれば、官寺として出発した吹浦は、蕨岡に比べて修験色が薄く、社前での奉仕に重きが置かれていたのだと言う。このため、他の登山口の修験者が鳥海山へ入峯して出世できたのに対し、吹浦の修験者は羽黒山へ入峯し、その補任を受けていた。
蕨岡口
現在地：山形県飽海郡遊佐町 社名：鳥海山大物忌神社 別当：龍頭寺 入峯：順峯
蕨岡に修験者が入った時期は不詳であるが、山頂の薬師堂（現在の鳥海山大物忌神社の山頂御本社）の鍵を有していた杉沢村の修験２坊を吸収し、江戸時代には３３坊（あるいは３２坊）を擁する一大勢力となった。
吹浦との「牛王印に関する論争」が起こった際に取り交わした明暦元年（１６５５年）の『取替手形』によれば、元より真言宗であったと言う。真言宗であれば吉野派逆峯と言うことになるが、鳥海山において順峯と称した。
さらに明暦元年（１６５５年）の『取替手形』によれば、慶安４年（１６５１年）に天台宗式で行われた上野萬部御経へ、一山全てが天台宗となった羽黒山本寺の指図で出席したが、真言宗より改宗は行わなかった。この様に羽黒山末寺であった蕨岡であるが、『出羽三山と修験道 戸川安章著作集Ⅰ』によれば貞享元年（１６８４年）に羽黒山を離れ醍醐三宝院の末寺となっている。
小滝口
現在地：秋田県にかほ市 社名：金峰神社 別当：龍山寺 入峯：順峯
江戸時代中期には９坊を擁した。『鳥海山信仰史』では貞享５年（１６８８年）７月５日付の龍山寺宛文書の内容から、三宝院末寺の真言宗であったと推測している。また同書では、鳥海山の開発経営は蕨岡、矢島、小滝の３口で行われたと述べている。
滝沢口
現在地：秋田県由利本荘市 社名：森子大物忌神社 別当：龍洞寺 入峯：逆峯
慶長の頃、矢島口と当山派逆峯系統に関する争いを起こしたが、元禄14年（１７０１年）８月１６日に三宝院から蕨岡に出された書状の内容から再度両者間で争いが起こったことがわかる。現在、滝沢の郷土史に龍洞寺の痕跡は認められないが、この理由を『鳥海山史』では矢島との争いに敗れて立場を失ったからではないか、と推測している。
矢島口
現在地：秋田県由利本荘市 社名：木境大物忌神社 別当：福王寺 入峯：逆峯
『鳥海山史』では、矢島修験に伝わる『鳥海山大権現縁起』と由利本荘市矢島町の開山神社に伝わる『開山神社縁起』の記述から、矢島口山道は嘉祥3年（８５０年）に美濃国から来た比良衛と多良衛の兄弟によって開拓されたと考察している。延宝６年（１６７８年）９月１２日に矢島から蕨岡へ出された『差上申し証書』では、矢島は開山以来の逆峯真言系であると述べており、その開基を聖宝が貞観１２年（８７０年）に開いたものとしている。
江戸時代中期には１８坊を擁した。『出羽三山と修験道 戸川安章著作集Ⅰ』では、鳥海山山頂の御堂に納められた棟札の記載を比較すると、元和４年（１６１８年）の棟札では滝沢逆院主の宗徒となっていた矢島が、天和２年（１６８２年）の棟札では滝沢より上位に記載されていることから、この時期に逆峯方における矢島と滝沢の立場が逆転したと述べている。
勢いに乗る矢島は、元禄１４年（１７０１年）に山頂御堂の建替え話が出ると、これを独力で行うことで山上の支配権を掌握しようと考え、蕨岡に「御堂立替の論争」を挑むが敗北する。さらに、領内の百姓から訴え出る形で蕨岡へ「嶺境論争」をしかけたが、江戸幕府の裁定で敗訴している。
院内口
現在地：秋田県にかほ市 社名：七高神社 別当：極楽寺
『鳥海山史』では宗旨を修験であったと推測しているが、元禄２年（１６８９年）７月の仁賀保大和守へ宛てた『差上申一札之事』において高野山心南院の配下であると述べていることから、矢島口とは系統が別であったと考察している。別当の極楽寺は近世に廃れたと伝えられる。