忠隣の累代における武功が大きかったことから、大久保家の家督は嫡孫の忠職が継ぐことが許され、その養子で忠職の従弟・忠朝の時に小田原藩主として復帰を果たした。
また、連座で謹慎していた次男の石川忠総は復帰を許され、大坂の陣で戦功を挙げたことから最終的に近江膳所藩主となり、子孫は伊勢亀山藩主となった。
これは輪王寺宮が特赦を願い出る慣例のもととなったという。堀直寄、柳生宗矩と共に沢庵宗彭の赦免にも奔走した。
柳生 宗矩（やぎゅう むねのり）は、江戸時代初期の武将、大名、剣術家。徳川将軍家の兵法指南役。大和柳生藩初代藩主。剣術の面では将軍家御流儀としての柳生新陰流（江戸柳生）の地位を確立した。
誕生から徳川家仕官
元亀２年（１５７１年）大和国柳生庄（現在の奈良市柳生町）に生まれる。父は柳生庄の領主で上泉信綱から新陰流の印可状を伝えられた剣術家でもある柳生宗厳（石舟斎）。母は奥原助豊の娘（於鍋、または春桃御前とも）。兄に厳勝、宗章等がおり、宗矩は兄達と共に父の下で兵法を学んだとされる。
若年時の行動は記録にないが、父の代に先祖代々の所領が没収されたために浪人となり、仕官の口を求めて 豊臣秀吉の小田原征伐で陣借りをしていたとする話が伝わっている。
文禄３年（１５９４年）５月、京都郊外の紫竹村において、父・宗厳が黒田長政の仲介により徳川家康に招かれて無刀取りを披露した際に、父と共に家康に謁見し、父の推挙を受けて200石で家康に仕えることとなる。
柳生家再興・将軍家兵法指南役就任から大坂の陣
豊臣秀吉の死後、家康と石田三成達の対立が深まる中、慶長５年（１６００年）に家康が上杉景勝討伐のために会津に向けて出陣すると、宗矩もこれに従軍する（会津征伐）。
その道中、下野国小山に至って三成ら西軍が挙兵した知らせを受けると、家康の命により柳生庄に戻り、筒井氏や大和の豪族と協力して西軍の後方牽制を行う。同年９月１３日、無事工作を終えて家康の元に戻り、続く関ヶ原の本戦では本陣で参加した。
戦後これらの功績によって、父の代で失領した大和柳生庄２，０００石を取り戻すことに成功する。翌慶長６年（１６０１年）には後の２代将軍・徳川秀忠の兵法（剣術）指南役となり、同年９月１１日に１，０００石加増、合わせて３，０００石の大身旗本となった。
慶長２０年（１６１５年）の大坂の陣では将軍・秀忠のもとで従軍して徳川軍の案内役を務め、秀忠の元に迫った豊臣方の武者７人（人数に異同あり）を瞬く間に倒したという。 なお、宗矩が人を斬ったと記録されているのは後にも先にもこの時だけである。
坂崎事件
大坂の陣の翌年、元和２年（１６１６年）には友人でもあった坂崎直盛の反乱未遂事件の交渉と処理に活躍し、坂崎家の武器一式と伏見の屋敷を与えられた。なお直盛の自害のみで事を治めると約束した幕府は、その後、坂崎家を取り潰している。
その約束で直盛の説得を行った宗矩は結果的に直盛を陥れたことになるが、宗矩はそれを終生忘れぬためなのか、元々の柳生家の家紋「地楡に雀」に加え、副紋として坂崎家の二蓋笠を加えて使い続けている。
これが後に「柳生二蓋笠」と呼ばれる紋となった。またこの際、坂崎の嫡子・平四郎を引き取って２００石を与えて大和に住まわせ、２人の家臣を引き取り、その内１人には２００石を与えている。
家光の下での躍進から大名へ
元和７年（１６２１年）３月２１日、後の３代将軍となる徳川家光の兵法指南役となり、新陰流を伝授する。
その後、将軍に就任した家光からの信任を深めて加増を受け、寛永６年（１６２９年）３月に従五位下に叙位、但馬守に任官する。さらに寛永９年（１６３２年）１０月３日には、３，０００石を加増された後、同年１２月２７日、初代の幕府惣目付（大目付）となり、老中・諸大名の監察を任とした。
その後も功績をあげ、寛永１３年（１６３６年）８月１４日の４，０００石加増で計１万石を受けて遂に大名に列し、大和国柳生藩を立藩。
さらに晩年に至って寛永１７年（１６４０年）９月１３日、５００石の加増。続いて前年に亡くなった次男・友矩の遺領分２，０００石の加増もあり、所領は１万２，５００石に達した。
一介の剣士の身から大名にまで立身したのは、剣豪に分類される人物の中では、日本の歴史上、彼ただ一人である。また、友人の沢庵宗彭を家光に推挙したのも、この頃のことである。
晩年
晩年は故郷である柳生庄に戻ることもあり、その際、陣屋に家臣や近隣の住人らを招き、申楽・闘鶏に興じるなどしていたという。正保３年（１６４６年）江戸麻布日が窪にある自邸で病む。同年３月２０日、病が重い事を聞いた家光が見舞いに訪れ、病床の宗矩に新陰の奥義を尋ね、望みがあれば申し出るよう命じた。３月２６日、死没。享年７６。
遺言によって武州端芝で火葬の上、豊島郡下練馬の圓満山廣徳寺に葬られた。その他、友人の沢庵宗彭を招いて開いた奈良市柳生下町の神護山芳徳禅寺にも墓所があり、京都府南山城村田山の華将寺跡に墓碑がある。
また、鍋島元茂・鍋島直能により、現在の佐賀県小城市にある岡山神社内の玉成社に祀られてもいる。同年４月、その死を惜しんだ家光の推挙により従四位下を贈位された。１万石の身で従四位下の贈位は異例であり、それだけ家光からの信頼が厚かったことを示すものと言える。
子には隻眼の剣士として知られる長男の三厳（十兵衛）、家光の寵愛を受けたが父に先立って早世した友矩、父の死後まもなく没した三厳に代わって将軍家師範役を継いだ宗冬、菩提寺芳徳寺の第一世住持となった列堂義仙の４男と他２女がいる。
剣士としては、江戸初期の代表的剣士の一人として知られる。将軍家兵法指南役として、当時の武芸者の中で最高の地位に位置し、「古今無双の達人」「刀術者之鳳(おおとり)」「父（石舟斎）にも勝れる上手]」「剣術古今独歩」「剣術無双」など様々に賞賛されている。また、新井白石や勝海舟なども自著にて賞賛している。