平安から鎌倉時代にかけて延暦寺からは名僧を輩出した。円仁・円珍の後には「元三大師」の別名で知られる良源（慈恵大師）は延暦寺中興の祖として知られ、火災で焼失した堂塔伽藍の再建・寺内の規律維持・学業の発展に尽くした。また、『往生要集』を著し、浄土教の基礎を築いた恵心僧都源信や融通念仏宗の開祖・良忍も現れた。平安末期から鎌倉時代にかけては、いわゆる鎌倉新仏教の祖師たちが比叡山を母体として独自の教えを開いていった。
比叡山で修行した著名な僧としては以下の人物が挙げられる。
良源（慈恵大師、元三大師 ９１２年 – ９８５年）比叡山中興の祖。
源信（恵心僧都、９４２年 – １０１６年）『往生要集』の著者
良忍（聖応大師、１０７２年 – １１３２年）融通念仏宗の開祖
法然（円光大師、源空上人 １１３３年 – １２１２年）日本の浄土宗の開祖
栄西（千光国師、１１４１年 – １２１５年）日本の臨済宗の開祖
慈円（慈鎮和尚、１１５５年 – １２２５年）歴史書「愚管抄」の作者。天台座主。
道元（承陽大師、１２００年 – １２５３年）日本の曹洞宗の開祖
武家との確執
初めて延暦寺を制圧しようとした権力者は、室町幕府六代将軍の足利義教である。義教は将軍就任前は義円と名乗り、天台座主として比叡山側の長であったが、還俗・将軍就任後は比叡山と対立した。
永享７年（１４３５年）、度重なる叡山制圧の機会にことごとく和議を（諸大名から）薦められ、制圧に失敗していた足利義教は、謀略により延暦寺の有力僧を誘い出し斬首した。
これに反発した延暦寺の僧侶たちは、根本中堂に立てこもり義教を激しく非難した。しかし、義教の姿勢はかわらず、絶望した僧侶たちは２月、根本中堂に火を放って焼身自殺した。当時の有力者の日記には「山門惣持院炎上」（満済准后日記）などと記載されており、根本中堂の他にもいくつかの寺院が全焼あるいは半焼したと思われる。
また、「本尊薬師三体焼了」（大乗院日記目録）の記述の通り、このときに円珍以来の本尊もほぼ全てが焼失している。同年８月、義教は焼失した根本中堂の再建を命じ、諸国に段銭を課して数年のうちに竣工した。また、宝徳２年（１４５０年）５月１６日に、わずかに焼け残った本尊の一部から本尊を復元し、根本中堂に配置している。
なお、義教は延暦寺の制圧に成功したが、義教が後に殺されると延暦寺は再び武装し僧を軍兵にしたて数千人の僧兵軍に強大化させ独立国状態に戻った。
戦国時代に入っても延暦寺は独立国状態を維持していたが、明応８年（１４９９年）、管領細川政元が、対立する前将軍足利義稙の入京と呼応しようとした延暦寺を攻め、根本中堂・大講堂・常行堂・法華堂・延命院・四王院・経蔵・鐘楼などの山上の主要伽藍を焼いた。
園城寺（おんじょうじ）は、滋賀県大津市園城寺町にある、天台寺門宗の総本山。山号は長等山（ながらさん）、開基（創立者）は大友与多王、本尊は弥勒菩薩である。
日本三不動の一つである黄不動で著名な寺院で、観音堂は西国三十三所観音霊場の第１４番札所で、札所本尊は如意輪観世音菩薩（如意輪観音）である。また、近江八景の１つである「三井の晩鐘」でも知られる。なお一般には三井寺（みいでら）として知られる。
札所本尊真言（如意輪観音）：おん ばだら はんどめい うん
ご詠歌：いでいるや波間の月を三井寺の 鐘のひびきにあくる湖
当寺は７世紀に大友氏 (古代)の氏寺として草創され、９世紀に唐から帰国した留学僧円珍（天台寺門宗宗祖）によって再興された。園城寺は平安時代以降、皇室、貴族、武家などの幅広い信仰を集めて栄えたが、１０世紀頃から比叡山延暦寺との対立抗争が激化し、比叡山の宗徒によって園城寺が焼き討ちされることが史上度々あった。
近世には豊臣秀吉によって寺領を没収されて廃寺同然となったこともあるが、こうした歴史上の苦難を乗り越えてその都度再興されてきたことから、園城寺は「不死鳥の寺」と称されている。
円珍の登場
園城寺の起源については、次のように伝承されている。大津京を造営した天智天皇は、念持仏の弥勒菩薩像を本尊とする寺を建立しようとしていたが、生前にはその志を果たせなかった。そして、大友皇子（弘文天皇）も壬申の乱のため、２５歳の若さで没した。
しかし、大友皇子の子である大友与多王は、父の菩提のため、天智天皇所持の弥勒菩薩像を本尊とする寺をようやく建立した。
壬申の乱では大友皇子と敵対した天武天皇ではあるが、朱鳥元年（６８６年）この寺の建立を正式に許可し、「園城寺」の寺号を与える。「園城」という寺号は、大友与多王が自分の「荘園城邑」（「田畑屋敷」）を投げ打って一寺を建立しようとする志に感じて名付けたものという。
なお、「三井寺」の通称は、この寺に涌く霊泉が天智・天武・持統の３代の天皇の産湯として使われたことから「御井」（みい）の寺と言われていたものが転じて三井寺となったという。
現在の園城寺には創建時に遡る遺物はほとんど残っていない。しかし、金堂付近からは、奈良時代前期や飛鳥時代に遡る古瓦や、崇福寺、穴太廃寺、南滋賀町廃寺と同じ形式の瓦が出土しており、大友氏と寺との関係も史料から裏付けられることから、以上の草創伝承は単なる伝説ではなく、ある程度史実を反映したものと見ることができる。
園城寺では、他宗で「管長」「別当」などと呼ばれる、一山を代表する僧のことを「長吏」（ちょうり）と呼んでいる。貞観元年（８５９年）、園城寺初代長吏に就任し、その後の園城寺の発展の基礎を築いたのが智証大師円珍である。
円珍は、弘仁５年（８１４年）、讃岐国那珂郡（現：香川県善通寺市）に生まれた。俗名は和気広雄、母方の姓は佐伯氏で、円珍の母は弘法大師空海の妹（もしくは姪）にあたる。
幼時から学才を発揮し神童と呼ばれた広雄は、１５歳で比叡山に登り、初代天台座主義真に入門。１９歳の時に国家公認の正規の僧となり、円珍と改名した。その後、比叡山の規定に従って「十二年籠山行」（１２年間、比叡山から下りずにひたすら修行する）を終えた後、大峯山や熊野三山を巡って厳しい修行をする。このことから後に園城寺は修験道とも深い繋がりを持つようになる。仁寿３年（８５３年）には唐へ留学して６年間、各地で修行。青龍寺の法全（はっせん）から密教の奥義を伝授された。