１３「秀次の人物像・逸話」
その後
７月１６日、秀吉は三使が持ち帰った秀次の首を検分した。しかし秀吉はこれで満足せず、係累の根絶をはかった。
７月３１日、秀次の妻妾公達が亀山城より京都の徳永邸に戻され、８月１日、翌日に処刑されると通達されたので、女性達は辞世の句を認めたり、身支度などをした。
８月２日（９月５日）早朝、三条河原に４０メートル四方の堀を掘って鹿垣を結んだ中で処刑が行われることになり、さらに３メートルほどの塚を築いて秀次の首が西向きに据えられた。
その首が見下ろす前で、まず公達（子供たち）が処刑された。最も寵愛を受けていた一の台は、前大納言・菊亭晴季の娘であって北政所が助命嘆願したが叶わず、真っ先に処刑された。
結局、幼い若君４名と姫君、側室・侍女・乳母ら３９名の全員が斬首された。子供の遺体の上にその母らの遺体が無造作に折り重なっていったということで、観衆の中からは余りに酷いと奉行に対して罵詈雑言が発せられ、見物にきたことを後悔した者もいたという。
数時間かけて行われた秀次の眷族の処刑が済むと、大量の遺体はまとめて一つの穴に投じられた。
この穴を埋め立てた塚の上に秀次の首を収めた石櫃が置かれて、首塚が造られた。首塚の石塔の碑銘には「秀次悪逆」の文字が彫られており、後述のような殺生関白の悪評もあって、人々はこれを「畜生塚」や「秀次悪逆塚」と呼んでいたが、鴨川の洪水で流出した後はしばらく放置されていた。
慶長１６年（１６１１年）、河川改修の際に石版を発見した豪商・角倉了以が、供養のために瑞泉寺を建立し、「悪逆」の文字が削られて供養塔として再建された。同寺には、秀次ら一族処刑の様子を描いた絵巻「瑞泉寺縁起」が残されている。
大名預かりとなっていた家老７名（前野父子・一柳・服部・渡瀬・明石・羽田）は全員死を賜り切腹した。
他の家臣にも遠流になった者がかなりおり、遺臣の中で許された者の多くは（石田三成陰謀説に反して）石田三成や、前田利家、徳川家康らに仕えた。
「#秀次切腹の主な連座者」も参照
秀次の遺児の中では、淡輪徹斎の娘・小督局との娘で生後１ヶ月であったというお菊は、母の従兄弟・後藤興義に預けられて助かり、後に真田信繁の側室・隆清院となった娘とその同母姉で後に梅小路家に嫁いだ娘も難を逃れた、と言い伝えられている。十丸の祖父にあたる北野松梅院も、娘と孫を処刑されたが、北野天満宮祠官という地位のために本人は死を免れた。
縁故の人物を殺しつくした後には、秀次の痕跡まで消し去ろうと聚楽第や近江八幡山城の破却が命じられた。聚楽第の堀は埋め戻されて基礎に至るまで徹底的に破壊され、周囲の諸侯の邸宅も同時に取り壊された。
現在の京都に、聚楽第の遺構が殆んど全く残っていないのはこのためである。近江八幡山城は、当時は親族大名の京極高次が城主であったが、城と館は破壊され、高次は大津城主に転じた。この際に近江八幡山城の部材の一部を大津城に移築したという説もある[79]。
事件では多くの連座者を出した。相婿の関係にあった浅野幸長は、秀次を弁護したこともあって能登国に配流となり、その父・浅野長政も秀吉の勘気を蒙った。
細川忠興は、切腹した家老の前野景定の舅であり、秀次に黄金２００枚の借金もしていた。
忠興は娘をすぐに離縁させ、徳川家康に取り成しを頼んで、借財を何とか弁解し、結局、借金は秀吉に返すことで難を逃れた。
最上義光は娘を秀次の側室に差し出していたことで咎められた。この駒姫は事件が起こった時にはまさに上京したばかりで秀次の寝所にも入っていなかったので、前田利家、徳川家康らが助命嘆願したが、ほかの妻妾と同じように三条河原で処刑された。これが憐れであるというので、義光も結局は許された。
秀吉は、事件が諸大名を動揺させないように、特に朝鮮に出兵中の諸将を安心させるために（高野山入り後の７月１０日頃）書状を多数発して、真相をぼかしつつも事情を説明した。
その上で、秀次切腹の前である７月１２日、今後は拾（豊臣秀頼）に対して忠節を誓うように諸大名に求めて、誓紙を書かせている。
『大阪城天守閣所蔵文書』の７月２０日付織田常真等連署起請文を見ると、２８名の大名が血判書で秀頼に対して忠誠を誓っているが、その中に細川忠興と最上義光の名がある。
さらに眷族皆殺しの翌日である８月３日には、五大老の名で御掟五ヶ条を発令して、事件の発端となった秀次と輝元の誓約について、以後は諸大名間の縁組・誓約（同盟）が全面的に禁止されるとした。また時期は不明だが、綱紀粛正が目的と思われる御掟追加九ヶ条も定められた。
一方で、伊達政宗は日頃より秀次と懇意にしており、秀次家老の粟野秀用が元は政宗の家臣であったことなどからも、謀反の一味の可能性があると見なされたので、特別な対応が取られた。事件が明らかになると（同じく懇意としていた）施薬院全宗からすぐに大坂に来て弁明するのが良いと忠告されたので、岩出山城から急ぎ上京した。
すると前田玄以・施薬院全宗・寺西筑後守・岩井丹波守からなる詰問使の訪問を受けたが、政宗は豊臣家の２代目たる関白に誠心誠意に奉公しようとしただけであると弁舌巧みに自己弁護したので、秀吉はこれを許して、８月２４日、秀頼への忠誠を命じる朱印状を出し、伏見城下に伊達町をつくるので、そこに屋敷を構えて家老や妻子、１，０００名の家来を常駐させるように命じた。
このように秀吉は、秀次に関係したものを抹消した一方で、事件の影響を最少に収めようとも努めたが、藤木久志は、政権内部の対立が秀次事件を機としてさらに深刻化したと評している。秀吉の晩年、秀次は豊臣家の二世世代では唯一の成人した親族であった。
秀次とその子をほぼ殺し尽くしたことは、数少ない豊臣家の親族をさらに少なくし、豊臣家には秀頼を支える藩屏が全く存在しない危険な状態とした。
また、秀次事件に関係し秀吉の不興を買った大名は、総じて徳川家康の助けを受けて難を逃れたので、関ヶ原の戦いで徳川方である東軍に属することにもなった。
笠谷和比古は、朝鮮出兵をめぐる吏僚派と武断派の対立などとともに、秀次事件は、豊臣家及び豊臣家臣団の亀裂を決定的にした豊臣政権の政治的矛盾のひとつであり、関ヶ原の戦いの一因となったと指摘している。