同じく嵯峨野二尊院で熊谷直之が切腹。摂津国の大門寺で木村常陸介（重茲）が斬首され、財産没収となった。重茲の妻子は一旦は法院の預かりとなったが、後に三条河原で磔にされた。
他 の家臣については、一柳右近（可遊）は徳川家康に、服部采女正（一忠）は上杉景勝に、渡瀬繁詮は佐竹義宣に、明石左近（則実）は小早川隆景に、羽田長門守は堀秀政に、前野長康・景定親子は中村一氏に、それぞれ身柄を預けられた。
粟野木工頭（秀用）は自邸にて切腹（または三条河原にて斬首）。縁者である日比野下野守（清実）と山口小雲（重勝）は北野で、丸毛不心斎は相国寺で切腹。吉田修理亮は逃亡した。木下吉隆、荒木安志（元清）、曲直瀬玄朔、里村紹巴は遠流とされた。
７月１５日、高野山に福島正則・池田秀雄・福原長堯の３名の検使が兵を率いて現れ、秀次に賜死の命令が下ったことを告げた。
ところが、『甫庵太閤記』によれば、木食応其が仏教寺院内では寺法により無縁の原理が認められており罪人すら保護されると抗議した。
木食応其は衆徒と対応を評議すると言って引き伸ばし、切腹を何とか阻止しようと食い下がったので、衆徒との間で一触即発の事態となる。
しかし秀吉に逆らえば高野山の寺院そのものが失われるという恫喝に近い福島の説得があり、秀次も切腹を受け入れたために対決は回避された。
秀次は刀を多数所持していたが、山本主殿助、山田三十郎、不破万作の小姓衆は名だたる刀匠の脇差を賜ると、次々と腹を斬り、この３名の殉死者は秀次が自ら介錯した。
虎岩玄隆は太刀で自ら腹を切って果てた。５番目についに秀次の番となり、雀部重政の介錯により切腹して果てた。
享年２８。法名は、高野山では善正寺殿高岸道意大居士とし、菩提寺の瑞泉寺では瑞泉寺殿高厳一峯道意とされている。
辞世は「磯かげの松のあらしや友ちどり いきてなくねのすみにしの浦」。
雀部重政もすぐに自害して後を追ったが、秀次の介錯に用いた彼の刀、南都住金房兵衛尉政次は、兄の雀部六左衛門の子孫に受け継がれて、現在は博物館「大阪城天守閣」に寄贈されている。また青巌寺（現：金剛峯寺）の柳の間は、現在では“関白秀次自刃の間”として知られる。
秀次及び同日切腹した関係者の遺体は、高野山奥の院の千手院谷、光台院の裏の山に葬られ、福島正則は首だけを検分のために伏見に持ち帰った。
１２「秀次の罪状」
そもそも本当に謀反を起こしたのであれば切腹は許されず、斬首や磔などもっと重い刑罰が科されることが常識であった。よって秀次は謀反によって死を賜ったわけではないと解釈するのは自然で、宮本義己は１９８７年から翌年にかけて『国史学』と『國學院雑誌』上で、前述の『御湯殿上日記』７月１６日の記述「御腹切らせられ候よし申。むしち（無実）ゆえかくの事候由申すなり」を根拠にして、謀反では無罪になったから切腹になったのであり、謀反の疑いが晴れなければ磔になったのではないかと主張した。
この解釈に小和田哲男は（２００２年頃）賛同したが、その後、宮本本人が自説の文法解釈上の誤りを認めて、むしち（無実＝古語で「誠意がない」の意）、すなわち不誠実な対応を咎められた故の自刃であったという新説を２０１０年に提起している。
なお宮本は秀次失脚の原因として、後陽成天皇の病の際に、その主治医をしていた曲直瀬玄朔を自宅によびよせた一件が、天皇診脈を怠ることになり、秀次には秦宗巴という侍医がすでに存在していただけに関白の地位の乱用を問われる越権行為と判断され失脚、切腹につながったのではないかと指摘している。これがいわゆる天脈拝診怠業事件である。
いずれにしても『御湯殿上日記』と伊達家文書にある『太閤様御諚覚』は、“謀反”に言及する数少ない一次史料であるが、『太閤様御諚覚』に「今度秀次様御謀反之刻…」という記述があるものの、その続きは「…政宗事も一味之由種々雖達上聞候」で、その後の内容で秀次の謀反騒動における伊達政宗の弁明を聞いてそれが誤解であったとしているのであり、前者が謀反の沙汰があったが無罪となったと書いているのであるから、謀反が“あった”と書いている史料はほぼ皆無ということになる。『太閤さま軍記のうち』ですら列挙される罪状のなかに謀反の文字はなく、忘恩・無慈悲・悪業の三点が責められたに過ぎない。
つまり謀反の企ては存在せず、嫌疑が晴れたにもかかわらず切腹させられたということなのである。
断罪した側がどのように事件を説明したかというと、『吉川家文書』の中に7月１０日付で秀吉と奉行衆がそれぞれ吉川広家に送った２通の手紙が残っているが、この中では高野山に秀次が送られた理由を「相届かざる子細（不相届子細）」や「不慮之御覚悟」があったとする。
のみで、具体的な内容は明記されず、口実すら記さない、言うのは憚られるという状態であった。小和田哲男は、「不相届子細」は秀吉が「秀次は自分の思い通りにならなくなってきた」と考えていたことであるとし、斎木一馬の論文を思い起こして、謀反などはなく、これは専制政治が起した悲劇で、独裁者秀吉には秀次を粛清するのに理由など必要としなかったことを示唆する。
宣教師ルイス・フロイスは、１５９２年１１月１日付の書簡で、すでに秀吉と秀次の不和から「何事か起こるべしと予想」していたが、『日本史』の第三十八章では、秀次は「（老関白から）多大な妄想と空中の楼閣（と思える）書状を受理したが、ほとんど意に介することなく、かねてより賢明であったから、すでに得ているものを、そのように不確実で疑わしいものと交換しようとは思わなかった。彼は幾つか皮肉を交えた言葉を口外したものの、叔父（老関白）との折り合いを保つために、胸襟を開くこともなく自制していた」と書き、老いて誇大妄想に陥った秀吉と、賢明で思慮深い秀次の人物像とを対比して描き出した。
フロイスは「この若者（孫七郎殿）は叔父（秀吉）とは全く異なって」いたと評していて（後述する悪行はあったとするものの）暴君は秀次ではなくて秀吉そのひとであったという立場をとっている。
一方で、３９名もの眷族が皆殺しとなったのであるから、谷口克広はやはり罪状は秀吉に対する謀反であったのは確かであるという。