戦後の影響
その後の戦い
もう１つの戦場であった飯盛山城は三人衆の１人三好長逸の誘降戦術が功を奏して同年１０月２１日に開城、久秀に寝返った者は堺へ去っていった。
この戦いで勝利した松永・三好連合軍は大和での実権が大きくなっていたと思われている。
『東大寺雑集録』によると、各寺院に対して「金銀米銭」による矢銭を要求しており三人衆・池田・筒井連合軍が去った後、東大寺、興福寺に代わって松永・三好連合軍が布陣しており、寺方より引き揚げを要望したところ、要求が聞き入れられることは無かった。これらにより久秀の権威が回復したと思われている。
その後三人衆・筒井連合軍の小規模な戦いは断続的に続いており、大きく戦局が変化したのが翌永禄１１年（１５６８年）６月２９日、信貴山城の戦いで信貴山城が落城すると、同年９月２日、山城木津城にいた三好政康が３千兵で西ノ京辺りに布陣した。
翌９月３日多聞山城の北西の宿場を焼き、筒井軍も合流して多聞山城の東側より攻めた。その後一旦大豆山に陣取った。
再び窮地に陥った久秀であったが、大きな味方が現れる。織田信長である。９月１２日に三人衆に就いた六角義賢を観音寺城の戦いで撃破し、足利義輝の弟・足利義昭を第１５代将軍に擁立して念願の上洛を果たすことになる（足利義栄は阿波で死去）。
畿内制圧に動いていた信長に久秀は質子を入れ９月２７日に芥川山城で息子の松永久通、三好義継と共に拝謁し、１０月４日に再び信長に拝謁すると「吉光」と「九十九髪茄子」を差出、恭順の意を示し軍門に下ることになり、義継には河内上守護に、松永父子には大和を任されることとなった。
信長は細川藤孝、佐久間信盛、和田惟政ら２万兵の援軍をつけ、久秀は再び大和に帰国し攻勢に出た。
１０月８日に奪回した筒井城が再び落城し、ついで１０月１０日に筒井方であった森屋城と窪之庄城が、１０月１５日に豊田城が落城すると大和は再び久秀の手に戻った。三人衆も畿内の諸城を落とされ、三人衆の勢力は一旦畿内から放逐された。
大仏のその後
頭部を失った奈良の大仏は、永禄１１年より山田道安の手によって補修と修理を実施したが、戦国の争乱で十分な資金が集まらなかったようで、頭部を銅板で仮 補修した程度にとどまり、大仏殿のほうはその目途すら立っていなかった。その後何度か大仏再興の動きはあったが、こちらも充分な資金が集まらず、遅々として進まなかった。大仏はその間雨風にさらされ続けていた。
そのような中貞享元年（１６８４年）に公慶によってようやく本格的な復興計画が立案され、江戸幕府の援助のもと、貞享４年（１６８７年）から建設用の資材が用意され、宝永２年（１７０５年）に棟上げが行われ、宝永６年（１７０９年）３月２１日に盛大な落成供養が営まれ、今日のような寺院の構成となった。ちなみにその後、大仏は明治１０年（１８７７年）より大正４年（１９１５年）まで長期による大規模な修復が実施された。