結局、要約すると、何だかわからないけど、商品が見つかったという事みたいです。
推測するに、倉庫の人間が、在庫置き場からは持ち出したものの、外には持ち出せなかったためにどこかに隠しておいたが、マズイと思って、見つかりそうな場所に戻したという事でしょうか？
それか、善意で考えれば、本来の置き場周辺の箱（？）に紛れてしまい、最初に問合せた時には発見できなかったが、たまたま見つかったので、在庫として戻した、と言う事でしょうか？
いずれにしても、事の発端、在庫がマイナス１になっている所から理解できません。
事の顛末は、内部情報なので教えてもらえないのかもしれませんが、これ、無くなった原因が盗難であれば、警察の出番、と言う事も考えられます。
動いている商品については、正確に在庫を把握するのが困難ですが、残念ながら、FBAを丸々信用はできないみたいですので、現物は確認できなくても、出庫数の管理は、きちんとしておいた方が良さそうです。