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絶対に破られることがないという屈指のセキュリティーシステムが敷かれている超巨大要塞型金庫、ナヴァロンの箱舟。
手にした者は世界を支配できると伝えられる秘宝クリムゾンハート・オブ・クレオパトラがそこに収蔵されているのを知ったルパン三世（小栗旬）は、天才怪盗として強奪不可能をうたったセキュリティーを突破してやろうと決意。
銭形警部（浅野忠信）の追跡をかわしながら、仲間である次元大介（玉山鉄二）、石川五ェ門（綾野剛）と秘宝強奪計画を進めていく。