Bootstrapのテンプレートindex.htmlでは、jQueryを外部サイトから読み込んでいます。
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.11.3/jquery.min.js"></script>
jQueryをサーバー上に配置します。
ここを参考にしました。
http://www.task-notes.com/entry/20140709/1404916200
サーバー上のjsフォルダに移動して、jQueryをwgetします。
wget https://code.jquery.com/jquery-3.1.0.min.js
index.htmlを修正します。
<script src="js/jquery-3.1.0.min.js"></script>
以上