零号機は謎の多いエヴァですが、その謎を幾つかの事実から、
推測していきたいと思います^^
まず零号機の元は、アダムなのか？リリスなのか？
というのが大きな問題です！
碇シンジと綾波レイの相互互換性を試す起動実験が行われる等、
零号機と初号機の互換性を表す興味深い事実があることから、
両対ともにリリスから作られた肉体であることが推測できる！
それは、初号機はリリスから作られたことが判明しているため、
互換性が容認されている零号機もリリスから作られたことを
推測できるためである！
補足として、レイはシンジの母親の碇ユイの遺伝子を受け継いで
いる事から、ある程度の互換性も考えられることになる！
それでは、零号機には赤木リツコ博士の母親、
赤木ナオコの魂が移植されているのか？
起動実験中に碇ユイの肉体が消失し魂が初号機に吸収されているので、
初号機の魂は碇ユイのものであるが、
自殺をした赤木リツコ博士の母親の赤木ナオコの魂は、
同様に自殺した、惣流アスカの母親、惣流・キョウコ・ツェッペリンの
魂の一部を、弐号機が宿しているということから、
零号機にも魂の一部が宿っている事が推測され、
そう仮定すると、起動実験時の零号機のリアクションに関して明らかに碇ゲンドウ、
赤木リツコ、綾波レイ（2人目）に対する憎しみを放出した暴走であった事が納得できる！
補足として、赤木ナオコは錨ゲンドウと不倫関係にあって、綾波レイの幼い時（1人目）に
面倒見ていたが、ひどい扱いを受けて心に傷を負い、絞殺している！
そして、娘の赤木リツコは、碇ゲンドウに深い愛を感じており、愛情の三角関係が
存在する事からも推論が一致する！
それでは、綾波レイはどのように作られているのか？
ウィキペディアからの引用
彼女の出自については謎が多く、脚本決定稿では2010年に現れたレイについて
「7歳に見えるが5歳」という記述があることから、少なくとも2005年に誕生し、
本来の人間より早く成長している。
小児期の容姿を見た赤木ナオコが一目で碇ユイを想起したほど似ていることから、
ユイのクローン的存在と考えられているが、その肉体は厳密にはユイとアダムの
遺伝子を半分ずつ受け継いだものであり、一人目や三人目に見られた残虐性は
このアダムによるものと言われている。肉体の出生に関しては、EVA初号機に
取り残された碇ユイをサルベージしたもの。
セントラルドグマに位置する地下プラントには多数の彼女のクローン体が存在
するが、彼女の魂はリリスの魂であり一つしか存在しないため、何らかの原因で
死んだ場合、魂を新しい身体に移し変えることで復活する。
記憶は定期的にバックアップを取られていたため、前の肉体で最後に保存した
記憶までが次の肉体に受け継がれるものの、感情面は保存されることはない。
結果として記憶は受け継がれるものの、それに伴う感情は受け継がれない。
魂の宿っていない体は、パイロットなしでエヴァンゲリオンを起動するための
「ダミーシステム」のコアとして活用されている。
作品中には3人のレイが登場し、1人目のレイはNERVがゲヒルンから改名する
以前、赤木ナオコに対してゲンドウの陰口をそのまま本人に伝え、激昂した彼女
により絞殺される。
シンジが初めて出会ったのは2人目のレイであり、第弐拾参話のアルミサエル戦
においてレイが自爆死した後に登場したのが3人目となる。
先述したように、この時点では彼女にはシンジに心を開きつつあった感情は消滅
していたらしく、彼に対する接し方が劇中序盤の頃のようになっている。
「人類補完計画」を遂行するにあたり、サードインパクトにより魂を肉体から解放
した際、「魂を導く」という行為が必要不可欠となり、それが可能な存在がアダムや
リリスであるとされ、故にその魂を宿され造られたカヲルとレイが存在し、補完計画
の要として重要な役割を担う。
モノローグでは、自らを「血を流さない女」と表現しているが、これは月経がないことの隠喩。